西汉置路县，东汉改潞县。金天德三年（1151年）设通州。据《元史·地理志》通州“取漕运通济之意”命名。俗称北通州，以别于江苏省之南通。1914年改为通县。1958年改通州区，1960年复设通县。
1997年4月29日，国务院（国函[1997]30号）批准，同意撤销通县，设立通州区，以原通县的行政区域为通州区的行政区域，区人民政府驻通州镇。经市政府研究，决定同时撤销通州镇、城关镇、梨园镇，新设运河、永顺、新华、北苑、中仓、玉桥、梨园、怡乐8个街道办事处【实际调整可能是：设立中仓、新华、北苑、玉桥4个街道和永顺、梨园2个地区办事处】。通州镇撤销后，区政府驻地为新华街道。
2005年末，通州区总面积912平方千米，户籍人口62.9万人。辖4个街道、10个镇（其中2个镇同时设地区办事处）、1个乡，共有44个社区、480个行政村。
