汉宣帝地节三年（公元前67年）置平恩候国，治在今邱城西，属冀州魏郡。继而更名延平县、平恩县、平恩镇。元至元二十六年（1289年）立丘县。清雍正三年十二月二十七日，为避孔丘之讳，加“阝”为邱。先后隶属冀州广平郡、武安郡、名州、山东堂邑、东昌路（府）、临清直隶州等。
抗日战争曝发后，初隶鲁西北，后归冀南区。1944年5月26日，邱县全境解放，8月县治北迁马头镇。建国后一直隶属邯郸市（专区、地区）管辖。1958年曾并入曲周县，1962年复置邱县。
1996年，邱县面积445平方千米，人口约19.2万人，辖2个镇、4个乡、1个民族乡：新马头镇、邱城镇、旦寨乡、陈村回族乡、南辛店乡、香城固乡、梁二庄乡。县政府驻新马头镇。
2000年第五次人口普查，邱县常住总人口200564人，其中：新马头镇58475人，邱城镇30688人，梁二庄乡26737人，南辛店乡23562人，香城固乡27589人，旦寨乡27783人，陈村回族乡5730人。
2002年，邱县面积455平方千米，人口约20.02万人。辖新马头、邱城2个镇和梁二庄、香城固、南辛店、陈村回族、旦寨5个乡（其中1个民族乡），6个社区、218个行政村。县政府驻新马头镇。
2006年，旦寨乡更名为古城营乡，乡驻地由旦寨村迁至古城营西1公里邱旦路北侧。2010年，省民政厅（冀民函[2010]32号）批复同意撤销梁二庄乡、香城固乡，设立梁二庄镇、香城固镇。至此，全县辖4个镇、3个乡（其中1个民族乡）：新马头镇、邱城镇、梁二庄镇、香城固镇、南辛店乡、古城营乡、陈村回族乡。
2010年第六次人口普查，邱县常住总人口227578人，其中：新马头镇76797人，邱城镇32605人，梁二庄镇27361人，香城固镇30045人，南辛店乡23855人，古城营乡30688人，陈村回族乡6227人。
