奈曼，系明代蒙古族部落名。奈曼即《元史》所谓乃蛮。据《钦定金史语解》：奈曼“蒙古语八数也”。清初设旗。
1996年，奈曼旗面积8159平方千米，人口约41万人，其中蒙古族占33%。辖5个镇、13个乡、13个苏木：大沁他拉镇、八仙筒镇、东明镇、青龙山镇、治安镇、太山木头苏木、巴嘎波日和苏木、白音他拉苏木、沙日浩来苏木、奈林苏木、固日班花苏木、明仁苏木、图勒恩塔拉苏木、黄花他拉苏木、章古台苏木、清河苏木、朝古台苏木、衙门营子苏木、新镇乡、土城子乡、义隆永乡、太和乡、平安地乡、白音昌乡、先锋乡、苇莲苏乡、昂乃乡、南湾子乡、桥河乡、浩特乡、得胜乡。旗政府驻大沁他拉镇。
1999年，奈曼旗辖5个镇、13个苏木和13个乡，529个嘎查（村）、12个居委会。2000年6月，土城子乡、义隆永乡、新镇乡、得胜乡、平安地乡和沙日浩来苏木撤乡（苏木）设镇。调整后，全旗辖11个镇、8个乡、12个苏木。
2000年第五次人口普查，奈曼旗总人口421049人，其中：大沁他拉镇36258人，八仙筒镇28580人，青龙山镇15119人，东明镇21968人，治安镇14032人，义隆永镇11785人，新镇镇13480人，平安地镇9837人，得胜镇15616人，沙日浩来镇13287人，土城子镇14906人，先锋乡17757人，桥河乡15821人，太和乡9542人，南湾子乡11668人，白音昌乡15777人，浩特乡7219人，苇莲苏乡13558人，昂乃乡5625人，太山木头苏木10955人，黄花塔拉苏木10144人，朝古台苏木12792人，固日班花苏木9319人，章古台苏木13802人，白音他拉苏木14173人，图勒恩塔拉苏木3437人，衙门营子苏木13179人，奈林苏木7249人，明仁苏木12251人，清河苏木14334人，巴嘎波日和苏木3534人，六号农场4045人。
2000年12月，经内蒙古自治区政府批准，奈曼旗将31个苏木乡镇合并为21个苏木乡镇（12个镇、2个乡、7个苏木）：撤销先锋乡、昂乃乡、桥河乡，并入大沁他拉镇，合并后，镇政府驻大沁他拉城区，面积523.3平方千米，人口74504人，辖44个嘎查、8个居委会；撤销图勒恩塔拉苏木、衙门营子苏木，并入八仙筒镇，合并后，镇政府驻黎明村，面积736.5平方千米，人口45425人，辖54个嘎查、4个居委会；撤销浩特乡，并入东明镇，合并后，镇政府驻东明村，面积328.9平方千米，人口29933人，辖38个嘎查；撤销太和乡，并入义隆永镇，合并后，镇政府驻义隆永村，面积335.7平方千米，辖33个嘎查，人口21060人；撤销南湾子乡，并入青龙山镇；合并后，镇政府驻青龙山村，面积407.8平方千米，人口27264人，辖29个村；撤销朝古台苏木，并入新镇镇，合并后，新镇镇更名为新镇，镇政府驻新镇村，面积547.7平方千米，人口26674人，辖32个嘎查；撤销太山木头苏木，并入黄花塔拉苏木，合并后，镇政府驻伊拉麻图嘎查，面积417.2平方千米，人口20896人，辖45个嘎查；治安镇政府驻百家村，面积240.3平方千米，人口18634人，辖20个嘎查村；明仁苏木政府驻明仁村，面积256.5平方千米，人口12252人，辖16个嘎查；固日班花苏木政府驻巴彦塔拉嘎查，面积540.8平方千米，人口9353人，辖28个嘎查；白音他拉苏木政府驻白音他拉村，面积500平方千米，人口14565人，辖29个嘎查；奈林苏木政府驻上奈林村，面积309.4平方千米，人口7329人，辖14个嘎查；章古台苏木政府驻章古台嘎查，面积412.3平方千米，人口14209人，辖27个嘎查；巴嘎波日和苏木政府驻西包日呼吉尔嘎查，面积332.3平方千米，人口3538人，辖14个嘎查；沙日浩来苏木政府驻东沙日浩来嘎查，面积344.5平方千米，人口13840人，辖18个嘎查；土城子乡政府驻土城子村，面积262.1平方千米，人口15263人，辖13个行政村；得胜乡政府驻嘎查甸子村，面积196.8平方千米，人口15238人，辖13个嘎查；平安地乡政府驻平安地村，面积160.4平方千米，人口10085人，辖12个村；白音昌乡政府驻白音昌村，面积346.2平方千米，人口15994人，辖20个嘎查村；苇莲苏乡政府驻卧凤甸子村，面积414平方千米，人口13474人，辖13个行政村；清河苏木政府驻清河村，面积285.3平方米，人口14499人，辖17个嘎查村。
2000年，奈曼旗总人口428712人，其中汉族265841人，蒙古族154385人，其他少数民族8486人。
2001年9月，自治区民政厅批准同意白音塔拉苏木改设建制镇。至此，全旗下设大沁他拉、八仙筒、青龙山、东明、治安、土城子、沙日浩来、义隆永、新镇、平安地、得胜、黄花塔拉、白音塔拉13个镇；白音昌、苇莲苏2个乡；固日班花、章古台、巴嘎波日和、奈林、清河、明仁6个苏木。2001年末，奈曼旗总人口42.4万人，其中蒙古族15.06万人，占总人口的35.5%；汉族26.64万人，占总人口的62.8%。
2003年，根据内蒙古自治区党委办公厅、自治区政府办公厅内党办发[2001]1号《关于调整撤并苏木乡镇和嘎查村的意见》精神，奈曼旗开展合并嘎查村工作。合并前，全旗21个苏木乡镇有529个嘎查村，其中500人以下嘎查村234个，占嘎查村总数44.2%；501～1000人嘎查村192个，占嘎查村总数36.3%；1001～1500人嘎查村77个，占嘎查村总数14.6%；1500口人以上嘎查村26个，占嘎查总数4.9%。同年3月10日至5月20日在章古台苏木开展合并嘎查村试点工作。6月10日，全旗开始合并嘎查村工作，撤并嘎查村174个，撤并比例为32%，嘎查村总数减少至355个。其中500人以下嘎查村有31个，501～1000人嘎查村有178个，1001～1500人嘎查村有92个，1500口人以上嘎查村有54个。
2006年6月，撤销巴嘎波日和苏木、章古台苏木、苇莲苏乡，将巴嘎波日和苏木原管辖的行政区域整建制和苇莲苏乡的6个村（西奈曼营子、东奈曼营子、光辉、新庙、兴安庄、苇莲苏）、章古台苏木的10个嘎查村（桥东、红星、嘎海花、朝阳古鲁、瑙棍塔拉、海拉苏、哈沙图、章古台、英特、富康）、黄花塔拉镇的4个嘎查村（道劳代、护桥、西毛盖图、东毛盖图）和义隆永镇2个村（舍力虎、西甸子）并入大沁他拉镇；撤销平安镇，将其原管辖的行政区域整建制和明仁苏木管辖区域内的孟家段水库、旗良种场并入八仙筒镇；撤销白音昌乡，将白音昌乡的3个村（前店、乔家杖子、西洼）和土城子镇的6个村（杏树园子、束龙沟、西铁匠沟、平顶山、奈曼杖子、化吉营子）并入青龙山镇；将白音昌乡的10个村（蟒石沟、石牌、山嘴、李家杖子、后斑鸿沟、簿等沟、东铁匠沟、北大营子、白音昌、烧锅地）并入新镇；撤销得胜镇、奈林苏木，将得胜镇原管辖的5个嘎查村（小白兴图、大包力皋、小包力皋、明嘎斯台、查干）和奈林苏木的2个嘎查（淖尔台、苏都）并入治安镇；将得胜镇的7个嘎查村（小吉尔仁达郎、大吉尔仁达郎、西哈日牙图、东哈日牙图、嘎查甸子、塔布郎、阿都勿素）和奈林苏木的7个嘎查村（上奈林、哈如拉旬子、双合兴、东奈林、孟和浩来、小太吉白、大太吉白）并入东明镇；撤销沙日浩来镇，将其原管辖的行政区域整建制与土城子镇的7个村（土城子、七家子、后头沟、塘房、成山、高和、哈日干图）合并；义隆永镇除划入大沁他拉镇的2个村外其余建制不变；将章古台苏木的8个嘎查村（查干淖尔、窑努呼、永兴、乌龙台、干歹、伊和达沁、南图布日格、巴日嘎斯台）并入固日班花苏木；撤销白音他拉镇，将其原管辖的行政区域整建制与苇莲苏乡的7个嘎查村（大林子、卧风甸子、五十家子、新安屯、西二十家子、东二十家子、东风）合并设立苇莲苏苏木；撤销清河苏木，将其原管辖的行政区域整建制并入明仁苏木；撤销黄花塔拉镇，改设黄花塔拉苏木。
2006年，全旗总面积8137.6平方千米。总人口43.2万人，其中蒙古族15.6万人，占总人口的36.1%；非农业人口5.8万人，占总人口的13.4%。辖8个镇、4个苏木：大沁他拉镇、八仙筒镇、东明镇、治安镇、义隆永镇、新镇、土城子镇、青龙山镇、固日班花苏木、明仁苏木、黄花塔拉苏木、苇莲苏苏木。共有355个行政村、12个居委会。
2007年7月，土城子镇更名为沙日浩来镇，镇政府驻地迁至沙日浩来村；苇莲苏苏木更名为白音他拉苏木，苏木政府驻地白音他拉村。调整后，全旗辖8个镇、4个苏木、1个国有农场：大沁他拉镇、八仙筒镇、青龙山镇、新镇、治安镇、东明镇、沙日浩来镇、义隆永镇、固日班花苏木、白音他拉苏木、明仁苏木、黄花塔拉苏木；国有六号农场。旗政府驻大沁他拉镇。
2009年末，全旗总面积8137.6平方千米。总人口441144人，其中，非农业人口131280人，占29.76%；农业人口309864人，占70.24%。辖8个镇、4个苏木、1个国有农场（六号国有农场）、1个办事处（大沁他拉街道办事处），355个嘎查村、9个社区。
2012年，设立土城子乡、苇莲苏乡。调整后，全旗辖8个镇、4个苏木、2个乡：大沁他拉镇、八仙筒镇、青龙山镇、新镇、治安镇、东明镇、沙日浩来镇、义隆永镇、固日班花苏木、白音他拉苏木、明仁苏木、黄花塔拉苏木、土城子乡、苇莲苏乡。
