“杭锦”为突厥语，意为“使车者”。一说因蒙古族部落而得名。隋唐以前多为中央王朝州、郡属地，宋为西夏属地，后为蒙古部落牧地。清时分属伊克昭盟的达拉特旗、 杭锦旗地，清末属五原厅。1929年至1941年属临河县，1942年属米仓县。1953年以米仓县为主体建杭锦后旗。
1996年?，杭锦后旗面积1711平方千米，人口29.6万人。辖4镇16乡：陕坝镇、黄河镇、蛮会镇、三道桥镇、五星乡、跃进乡、光荣乡、红旗乡、联合乡、红星乡、团结乡、四支乡、南渠乡、沙海乡、召庙乡、大树湾乡、二道桥乡、南小召乡、查干敖包乡、头道桥乡、太阳庙乡。旗政府驻陕坝镇。
2000年第五次人口普查，杭锦后旗总人口284279人，其中：黄河镇6616人，二道桥镇11525人，三道桥镇13987人，蛮会镇8302人，团结镇8230人，陕坝镇50991人，头遭桥乡12192人，查干敖包乡14151人，南小召乡11973人，五星乡9631人，太阳庙乡11030人，大树湾乡7284人，召庙乡12732人，沙海乡13797人，南渠乡14670人，四支乡11262人，光荣乡17420人，红旗乡11056人，联合乡7949人，红星乡10223人，跃进乡16699人，巴盟太阳庙农场2559人。
2000年，全旗总面积1767平方千米（265.04万亩）。辖6个镇、15个乡。总人口78146户289532人，其中蒙古族2626人，其他少数民族2862人，汉族284064人；全旗城镇人口80762人，农村人口208770人。
2009年，全旗总面积1708平方千米。辖8个乡镇，14个居委会、107个村委会，1046个村民小组。总人口96074户323017人，其中：汉族316521人，蒙古族3375人，回族2418人，满族465人，其他少数民族238人。人口密度189人/平方千米。
2012年，设立蒙海镇。调整后，全旗辖9个镇：陕坝镇、头道桥镇、二道桥镇、三道桥镇、蛮会镇、团结镇、双庙镇、沙海镇、蒙海镇。
