“阿巴嘎”系蒙古语译音，意为“叔叔”。金为蒙古汪古部地。元属乌良哈万户地。明属察哈尔万户地。清崇德六年（1641年）置阿巴嘎左翼旗。清顺治八年（1651年）置阿巴嘎右翼旗。1952年二旗合并为西部联合旗，1956年改阿巴嘎旗。
1996年?，阿巴嘎旗面积2.7万平方千米，人口4万人，其中蒙古族2.2万人，占54.5%。辖1个镇、13个苏木：新浩特镇、德力格尔苏木、浑迪乌素苏木、巴彦查干苏木、洪格尔高勒苏木、宝格达乌拉苏木、查干淖尔苏木、那仁宝拉格苏木、额尔敦高毕苏木、吉尔嘎郎图苏木、巴彦德力格尔苏木、巴彦图嘎苏木、青格勒宝拉格苏木、伊和高勒苏木。旗政府驻新浩特镇。
2000年第五次人口普查，阿巴嘎旗总人口46975人，其中：新浩特镇21097人，那仁宝拉格苏木2467人，青格勒宝拉格苏木1491人，巴彦图嘎苏木1940人，吉尔嘎郎图苏木1495人，伊和高勒苏木1754人，额尔敦高毕苏木1457人，巴彦查干苏木1710人，宝格达乌拉苏木1549人，查干淖尔苏木3992人，巴彦德力格尔苏木1547人，洪格尔高勒苏术3161人，德勒格尔苏木1476人，浑迪乌苏苏木771人，玛尼图煤矿1068人。
2000年，全旗总面积27495平方千米。总人口42867人，其中牧业人口22262人。辖1个镇、13个苏木，71个嘎查，1295个浩特；煤矿、林场、渔场各1处。
2001年4月24日，撤销巴彦查干苏木、浑迪乌素苏木和新浩特镇，合并设立巴彦查干镇。调整后，全旗辖1个镇、11个苏木：巴彦查干镇、那仁宝拉格苏木、青格勒宝拉格苏木、巴彦图嘎苏木、吉尔嘎郎图苏木、伊和高勒苏木、额尔敦高毕苏木、宝格达乌拉苏木、查干淖尔苏木、巴彦德勒格尔苏木、洪格尔高勒苏木、德勒格尔苏木。旗政府驻巴彦查干镇。
2001年，全旗总面积27495平方千米。总人口43212人，其中牧业人口20989人，占总人口的48.6%。辖1个镇、11个苏木，71个嘎查；煤矿、林场、渔场各1处。
2006年，阿旗将原有的12个苏木镇调整为6个，即那仁宝拉格苏木、吉尔嘎朗图苏木、伊和高勒苏木和别力古台镇、查干淖尔镇、洪格尔高勒镇；其中，撤销巴彦查干镇、宝格达乌拉苏木，将其所辖区域整建制合并设立别力古台镇，为旗政府所在地。
2006年，全旗总面积27495平方千米。总人口43021人，其中城镇人口21880人，牧业人口21141人；蒙古族23446人，汉族18787人。辖3个镇、3个苏木，71个嘎查；煤矿、林场、渔场各1处。
2009年，全旗总面积27495平方千米。总人口44778人，其中蒙古族24618人，其他少数民族人口796人。辖3个镇、3个苏木，71个嘎查。
2012年，恢复巴彦图嘎苏木。调整后，全旗辖3个镇、4个苏木：别力古台镇、查干淖尔镇、洪格尔高勒镇，那仁宝拉格苏木、吉尔嘎朗图苏木、伊和高勒苏木、巴彦图嘎苏木。
