清崇德元年（1636年），公主在清河城建有府邸，时人称王爷殿，后俗称为王爷店。清康熙十五年（公元1676年），王爷店地区建边门，始称清河边门，简称清河门，属义州（今义县）。1983年2月21日，辽宁省政府批准同意设立阜新市清河门区，以郊区的清河门镇和艾友街道办事处为其行政区域。
1996年，清河门区面积98.5平方千米，人口8万人。辖4个街道、2个乡：新北街道、六台街道、艾友街道、清河街道、乌龙坝乡、河西乡。区政府驻清河大街。
1997年，撤销河西乡，设立河西镇（辽政[1997]27号）；撤销乌龙坝乡，设立乌龙坝镇（辽政[1997]158号）。
2000年第五次人口普查，清河门区常住总人口72323人，其中：清河街道18792人，六台街道10788人，艾友街道10684人，新北街道3357人，河西镇15881人，乌龙坎镇12821人。
2002年6月，清河门区面积105平方千米，人口约7.77万人。辖4个街道、2个镇，12个社区、17个行政村。区政府驻清河大街1号。
2010年第六次人口普查，清河门区常住总人口60751人，其中：清河街道20327人，六台街道6069人，艾友街道5233人，新北街道4641人，河西镇14680人，乌龙坝镇9801人。
