原为长江中沙洲，因李白“三山半落青天外，二水中分白鹭洲”诗句而有“白鹭洲”之名。至明代逐步并陆。1933年3月为南京市第五区，区公所设仓巷14号。1950年6月改第四区。1955年改建邺区，以南京古称建邺命名。1967年更名红卫区，1973年复建建邺区。
1995年4月11日，南京市政府（宁政发[1995]74号《关于调整玄武、白下区、江宁县等区、县行政区划的通知》）批准，将雨花台区江东镇所辖的河南、所街、兴隆、向阳、东林5个行政村和仁东桥、棉花堤、螺丝桥3个居委会，以及原茶亭行政村，划归建邺区管辖，并组建新的街道办事处；24日，市政府在区划调整办公室举行交接签字仪式。4月27日，市政府批准（宁政复[1995]23号《关于同意成立兴隆街道办事处的批复》），同意在南湖新村西南，东至南河，南至雨花台区青石村、红旗村，西至棉花堤夹江，北至鼓楼区江东村的范围内成立兴隆街道办事处。新成立的兴隆街道办事处，辖安国、安泰、安民、安康、螺丝桥、仁东桥、棉花堤7个居委会和河南、所街、兴隆、向阳、东林5个村委会，安如、安意两个居民区，面积8.24平方千米。人口9927户、34268人；5月18日正式挂牌。对河西划入地区其它部分：茶亭东街中心线以南，白鹭村以东，集庆路西延中心线以北，划归南湖街道管理；北圩路以西，茶亭东街中心线以北，原茶亭村与江东村河界中心线以东，凤凰西街以南地域划归莫愁湖街道管理。10月16日市政府发出宁政复[1995]56号《关于将“爱达花园公寓”划归建邺区的批复》，为解决好区划调整中的遗留问题，决定将“爱达花园公寓”小区从雨花台区划归建邺区兴隆街道办事处管辖。
1996年，全区面积14.9平方千米，人口23.1万人。辖6个街道：朝天宫街道、安品街街道、止马营街道、莫愁湖街道、南湖街道、兴隆街道。
2000年第五次人口普查，建邺区总人口358966人，其中：莫愁湖街道71167人、朝天宫街道46565人、安品街街道31458人、止马营街道37648人、南湖街道79239人、兴隆街道92889人。
2002年，雨花台区沙洲、双闸街道办事处和江心洲镇划归建邺区管辖；建邺区朝天宫、止马营街道办事处划归白下区管辖；建邺区汉中门大街及其西延至长江段以北部分划归鼓楼区江东街道办事处管辖；鼓楼区汉中门大街及其西延至长江段以南部分划归建邺区兴隆街道办事处管辖。根据《江苏省政府关于同意撤销南京市建邺区江心洲镇设立江心洲街道办事处的批复》（苏政复[2002]158）、《南京市政府关于撤镇建邺区江心洲镇设立江心洲街道办事处的批复》（宁政复[2003]1号）和《建邺区政府关于同意撤销江心洲镇设立江心洲街道办事处的通知》，撤销江心洲镇设立江心洲街道办事处（2003年正式挂牌成立）。截至2002年底，建邺区辖7个街道：莫愁湖街道、滨湖街道、兴隆街道、南苑街道、双闸街道、沙洲街道、江心洲街道，区政府驻莫愁湖街道。
2007年，南京市政府决定对建邺区、鼓楼区部分行政区划进行调整，将建邺区兴隆街道办事处江东村委会划归鼓楼区江东街道办事处管理。行政区划调整后，两区此段行政区域界线走向为：自汉中门大街中心线与清河路交会处起，折向西南沿清河路中心线至规划的集庆门大街中心线，折向东沿规划的集庆门大街西段中心线至规划的燕山路北段中心线，折向北沿规划的燕山路北段中心线至汉中门大街中心线。行政区划调整后，建邺区行政区域面积80.83平方千米，人口20.17万人，辖7个街道办事处。兴隆街道办事处面积7.03平方千米，人口2.54万人，管理7个居委会、4个村委会。
2009年末，建邺区总面积83平方千米、总人口22.72万人。辖7个街道：滨湖街道、沙洲街道、双闸街道、江心洲街道、南湖街道、兴隆街道、南苑街道。
2010年第六次人口普查，常住总人口其中：。
2012年，撤销滨湖街道、南湖街道，设立莫愁湖街道。调整后，全区辖6个街道：沙洲街道、双闸街道、江心洲街道、莫愁湖街道、兴隆街道、南苑街道。
