今市区一带，汉代为海中小沙洲。唐末开始设镇。五代设郡，称静海。后周显德五年（958年）筑城，始称通州。宋天圣元年（1023年）改称崇州，又名崇川。不久复称通州。辛亥革命后，废州设县，称南通县。
1949年2月南通全境解放后，划城区、狼山、天生港一带建南通市，先后为苏北行署、南通地区专署所辖，1962年改为省辖市。1983年南通地区与南通市合并，实行市管县体制，设立城区。1991年5月，经国务院批准，南通市城区更名为崇川区。
1996年，全区面积57.5平方千米，人口35.3万，辖8个街道、3个乡。区政府驻跃龙南路。
2000年第五次人口普查，崇川区总人口546938人，其中：城东街道61262人，和平桥街道69086人，新城桥街道52026人，人西街道35195人，虹桥街道76685人，学田街道51019人，中兴街道28894人，新开镇22217人，狼山镇18218人，八厂乡58986人，钟秀乡41832人，任港乡31518人。
2001年经省人民政府批准，将通州市的观音山镇、小海镇、竹行镇、通州市良种场划归南通市崇川区管辖；将通州市行政区域范围内的南通农场（隶属省农垦集团公司）、东方红农场（隶属省军区）划入南通市崇川区行政区域。其中：小海镇、竹行镇、良种场、种畜场整建制划进市区并委托富民港办事处管辖，南通农场（省属）和东方红农场（省属）划入富民港办事处行政区划范围内。
2004年末，观音山镇面积31.17平方千米，人口55110人。狼山镇面积19.42平方千米，人口30492人。新开镇面积14.53平方千米，人口28841人。竹行镇面积31.98平方千米，人口33583人。小海镇面积27.04平方千米，人口35898人。（数据来源于《江苏省统计年鉴》）
2006年，全区面积99.67平方千米，人口54.89万人。辖8个街道、2个镇：城东街道、和平桥街道、任港街道、新城桥街道、虹桥街道、学田街道、钟秀街道、文峰街道、观音山镇、狼山镇。（不包含经济技术开发区数据）
2008年，全区辖9个街道、5个镇：城东街道、和平桥街道、任港街道、新城桥街道、虹桥街道、学田街道、钟秀街道、文峰街道、中兴街道、观音山镇、狼山镇、新开镇、竹行镇、小海镇。其中，中兴街道、新开镇、竹行镇、小海镇由经济技术开发区管理。
2009年，撤销观音山镇、狼山镇，设立观音山街道、狼山镇街道（4月28日正式实施）。2009年末，崇川区总面积100平方千米、总人口54.25万人（数据来源于《江苏省统计年鉴》）。
2010年，江苏省政府批准同意南通市撤销崇川区小海镇、竹行镇，分别设立小海街道、竹行街道；撤销富民港办事处新开镇，设立新开街道。
