1996年，清河区位于淮阴市城区北部，东与淮安市接壤，南以里运河与清浦区为界，北隔废黄河和淮阴县相邻。面积61.6平方千米，人口17.1万人。辖4个街道、2个乡，1个国营场圃。区政府驻淮海街道淮海西路。淮海街道面积4.2平方千米，人口6.8万人，辖朝阳、向阳、健康路、交通路、车站、石码头、工农路、淮海西路、淮海北路9个居委会；长西街道面积13平方千米，人口7.1万人，辖人民路、上海路、长西、引河、河堤路、城西、北京路7个居委会；长东街道面积9平方千米，人口3.6万人，辖水门桥、铜元、闸北、工农兵、娃娃井、三门、水渡、越河、新村、立新、新建、黄河南12个居委会；北京路街道面积0.7平方千米，人口1.4万人，辖京中、京南、京北、大治路、西园5个居委会；钵池乡面积12平方千米，人口3.4万人，辖吕庄、山头、毛渡、团汪4个村委会、1个果林场；城北乡面积14.3平方千米，人口1.9万人，辖西湖、窑汪、团结、革命、西郊、富强、繁荣、东郊、新建、洪福10个村委会和1个黄河果园。（根据《中国政区大典》资料整理）
2000年第五次人口普查，清河区总人口248794人，其中（7个街道、1个乡）：长西街道45633人，北京路街道11612人，淮海街道58869人，长东街道40084人，水渡口街道18526人，西安路街道44434人，东湖街道20640人，钵池乡8996人。
2002年6月,楚州区徐杨乡划归淮安经济开发区。2003年，楚州区南马厂乡小堆村、高张村以及马厂村的一、二、三、四村民小组划归清河区徐杨乡管辖；楚州区席桥镇熊胡村、福康村划归清河区徐杨乡管辖。2003年末，清河区总人口70859户、22.85万人，辖8个街道、2个乡：北京路街道、长西街道、淮海街道、长东街道、西安路街道、水渡口街道、新港街道、东湖街道、钵池乡、徐杨乡。
2004年末，全区户籍总人口78027户、24.0万人，登记暂住人口5.5万人。2005年末，全区户籍总人口78709户、24.67万人，登记暂住人口5.7万人。2006年末，全区户籍总人口80339户、24.46万人，登记暂住人口5.81万人。2007年末，全区户籍总人口79045户、23.69万人，登记暂住人口6.62万人。（以上不包含淮安经济开发区在内）
2007年9月26日后，将清河区京沪路办事处严赵、高张、砖井、小堆4村相继划归淮安经济开发区。2008年，将楚州区席桥镇的李席居委会和东邱村委会划入南马厂乡，并将调整后的南马厂乡划归清河区管辖。行政区划调整后，清河区行政区域面积153平方千米，人口43.9万人，辖6个街道、3个乡；其中，南马厂乡行政区域面积22.4平方千米，人口1.85万人，辖1个居委会、5个行政村。
2009年末，清河区总面积29平方千米、总人口23.01万人（以上不包含淮安经济开发区在内）。钵池乡面积6.55平方千米、人口6858人，徐杨乡面积33.27平方千米、人口57431人，南马厂乡面积24.25平方千米、人口18950人。
2010年，西安路街道更名为柳树湾街道，北京路街道更名为府前街道，京沪路街道更名为白鹭湖街道。辖区同时有所调整：将淮海街道的工农路社区、淮西社区、繁荣社区划归府前街道管辖，将淮海街道的朝阳社区划归柳树湾街道管辖，将长东街道的新村社区、立新社区、北新村社区、黄河南社区划归淮海街道管辖，将长东街道的沈阳路社区划归水渡口街道管辖，将水渡口街道的健康路社区划归淮海街道管辖，将水渡口街道的团汪社区、果林场社区划归白鹭湖街道管辖。
