春秋时相继成陆。境域先后属吴、越、楚。西汉时属古射阳、盐渎县，晋属山阳、左乡、盐城县。此后，历朝属山阳、盐城县。明初设庙湾场。清雍正九年（1731）析山阳县东境马逻、羊寨等图，盐城北境仁义、长乐诸里，合场灶及海滩新涨之地，置阜宁县，属淮安府。彼时阜宁地域广阔，东临黄海，西以苏嘴与山阳相连，南至草堰河与盐城接壤，北以云梯关与安东毗邻，总面积5766.75平方千米。
民国初年，隶江苏省淮扬道，民国21年（1932）隶江苏省第十督察北部分地区。民国29年（1940）建立抗日民主政权，隶淮海区，民国30年（1941）隶盐阜区。是年析县境东北部分地区，建立阜东县。民国31年（1942）析东南部分地区建射阳县。民国34年（1945）隶盐阜分区，是年12月，隶苏皖边区第五行政区。1949年属盐城专区，1970年属盐城地区，1983年属盐城市。
1996年，阜宁县面积1438.3平方千米，人口约107.9万人。辖12镇13乡：阜城镇、永兴镇、东沟镇、沟墩镇、羊寨镇、益林镇、施庄镇、新沟镇、板湖镇、古河镇、吴滩镇、硕集镇、杨集乡、陈集乡、城北乡、凤谷乡、郭墅乡、北沙乡、合利乡、公兴乡、陈良乡、三灶乡、马荡水产乡、芦蒲乡、罗桥乡。县政府驻阜城镇。
2000月6月，经省政府批准，撤销公兴乡，设立公兴镇；9月，经省政府批准，撤销郭墅乡，设立郭墅镇。
2000年第五次人口普查，全县（辖19个镇、6个乡）总人口1035035人，其中：阜城镇66746人，城北镇56342人，沟墩镇65130人，吴滩镇35365人，陈良镇45370人，施庄镇50541人，三灶镇56562人，郭墅镇40006人，新沟镇52367人，陈集镇54673人，羊寨镇32240人，硬集镇33267人，永兴镇16468人，板湖镇48833人，东沟镇34111人，益林镇53142人，公兴镇32875人，扬集镇38212人，古河镇56120人，合利乡24524人，北沙乡23515人，芦蒲乡33237人，蒲南乡18266人，风谷乡28182人，罗桥乡30821人，经济开发区8120人。
2001年7月，永兴镇并入东沟镇，风谷乡并入罗桥镇，……。2004年，全县辖20个镇：阜城镇、沟墩镇、吴滩镇、合利镇、陈良镇、施庄镇、三灶镇、郭墅镇、新沟镇、陈集镇、羊寨镇、芦蒲镇、硕集镇、板湖镇、东沟镇、益林镇、公兴镇、杨集镇、古河镇、罗桥镇。
2004年末，全县总人口106.67万人。辖20个镇。阜城镇面积59.76平方千米，人口181369人。沟墩镇面积110.60平方千米，人口61761人。吴滩镇面积59.01平方千米，人口35173人。合利镇面积38.00平方千米，人口24536人。陈良镇面积67.73平方千米，人口42515人。施庄镇面积63.19平方千米，人口44712人。三灶镇面积90.07平方千米，人口52893人。郭墅镇面积60.70平方千米，人口39498人。新沟镇面积74.75平方千米，人口47886人。陈集镇面积85.53平方千米，人口53866人。羊寨镇面积91.38平方千米，人口57243人。芦蒲镇面积71.41平方千米，人口51235人。硕集镇面积47.23平方千米，人口32357人。板湖镇面积68.81平方千米，人口48362人。东沟镇面积65.01平方千米，人口51861人。益林镇面积42.50平方千米，人口55439人。公兴镇面积57.32平方千米，人口32580人。杨集镇面积67.75平方千米，人口38210人。古河镇面积86.12平方千米，人口55746人。罗桥镇面积88.49平方千米，人口59408人。（数据来源于《江苏省统计年鉴》）
2009年末，阜宁县总面积1439平方千米、总人口35.46万户109.40万人。其中：阜城镇面积59.76平方千米、人口212769人，沟墩镇面积111.66平方千米、人口62124人，吴滩镇面积52.46平方千米、人口30543人，合利镇面积37.84平方千米、人口25059人，陈良镇面积67.52平方千米、人口41892人，施庄镇面积50.77平方千米、人口40438人，三灶镇面积91.2平方千米、人口53963人，郭墅镇面积56.82平方千米、人口31882人，新沟镇面积77.42平方千米、人口49446人，陈集镇面积88.77平方千米、人口53438人，羊寨镇面积94.20平方千米、人口57206人，芦蒲镇面积86.73平方千米、人口50242人，硕集镇面积47.13平方千米、人口31519人，板湖镇面积69.06平方千米、人口47497人，东沟镇面积65.48平方千米、人口51839人，益林镇面积42.56平方千米、人口56274人，公兴镇面积57.07平方千米、人口32389人，杨集镇面积66.62平方千米、人口38390人，古河镇面积89.79平方千米、人口56772人，罗桥镇面积88.10平方千米、人口59393人。（数据来源于《江苏省统计年鉴》）
2009年11月，阜宁县进行镇区行政区划调整：撤销施庄镇、吴滩镇、合利镇，将其原辖区域并入阜城镇；辙销硕集镇、公兴镇，将其原辖区域并入东沟镇；撤销杨集镇，将其原辖区域并入益林镇；郭墅镇与澳洋工业园合并，实行镇园合一。调整后，全县辖14个镇：阜城镇、沟墩镇、陈良镇、三灶镇、郭墅镇、新沟镇、陈集镇、羊寨镇、芦蒲镇、板湖镇、东沟镇、益林镇、古河镇、罗桥镇。
