1949年建嵊泗县，属江苏省。1953年划归浙江省。1958年嵊泗县改为公社，隶属舟山县，1960年划归上海市。1962年复置嵊泗县，划归浙江省舟山专区。现属舟山市。
1996年，嵊泗县陆海总面积8824平方千米，其中陆地面积67.8平方千米。人口约8.7万人。辖菜园、马关、大洋、嵊山4个镇和枸杞、花鸟、黄龙、壁下、金平、小洋、滩浒、五龙9个乡。县政府驻菜园镇。
2000年第五次人口普查，嵊泗县总人口88362人；其中：菜园镇27182人，嵊山镇10807人，马关镇5410人，大洋镇9460人，五龙乡5208人，金平乡3524人，黄龙乡9578人，枸杞乡9245人，壁下乡739人，花鸟乡2171人，绿华乡1304人，小洋乡3185人，滩浒乡549人。
2001年1月19日，浙政函[2001]3号批复同意嵊泗县行政区划调整：撤销菜园镇、马关镇、金平乡、绿华乡建制，合并设立新的菜园镇，辖17个村、6个居委会，驻菜园镇东海路135号。撤销嵊山镇、壁下乡建制，合并设立新的嵊山镇，辖10个村、5个居委会，驻文化路1号。撤销大洋镇、小洋乡、滩浒乡建制，合并设立洋山镇，辖8个村，驻洋山镇府前路1号。2月，嵊泗县对行政区划进行调整。调整后，嵊泗县辖菜园镇、嵊山镇、洋山镇、五龙乡、黄龙乡、枸杞乡、花鸟乡3镇4乡。
2002年，嵊泗县辖3个镇、4个乡，11个居民区、48个行政村。2005年末，嵊泗县人口8.12万人。
