遂昌县地西周前属越，秦属会稽太末县。东汉建安二十三年（218年）分太末南部地置遂昌县。三国吴赤乌二年（239年）更名平昌，晋太康元年（280年）复称遂昌。建县后先后属会稽郡、东阳郡、缙云郡、处州、衢州专署、金华地区，1963年后属丽水地区（现属地级丽水市）。1958年11月至1982年5月，松阳县并入。
1993年末，全县辖9个镇、11个乡，21个居民区、390个行政村，总人口22.47万人。
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2003年末，全县总面积2539平方千米，总人口22.55万人，辖9个镇、11个乡（其中1个民族乡），7个社区、5个居民区、389个行政村。2005年末，全县总人口22.74万人。
2011年，遂昌县调整部分行政区划：撤销妙高镇、云峰镇建制，其行政区域改由遂昌县政府直辖（浙政函[2011]367号）。在遂昌县政府直辖区域设立妙高、云峰2个街道办事处（丽政函[2011]177号）。
