据《今县释名》，宋庆元二年分龙泉松源乡地置县，以年号为名。
2000年第五次人口普查，庆元县总人口179449人，其中：松源镇48757人、黄田镇14317人、竹口镇9713人、屏都镇12348人、荷地镇12256人、左溪镇8396人、贤良镇4329人、岭头乡8956人、五大堡乡8529人、淤上乡7241人、安南乡6638人、张村乡5527人、隆宫乡6737人、举水乡5206人、江根乡5254人、合湖乡4432人、龙溪乡3458人、百山祖乡2961人、官塘乡2654人、四山乡1740人。
2002年，庆元县辖7个镇、13个乡：松源镇、屏都镇、竹口镇、黄田镇、荷地镇、左溪镇、贤良镇、淤上乡、隆宫乡、张村乡、安南乡、四山乡、岭头乡、举水乡、龙溪乡、江根乡、官塘乡、五大堡乡、百山祖乡、合湖乡，共有5个社区、345个行政村。
2003年12月11日，浙政函[2003]208号批复同意庆元县部分行政区划调整：将屏都镇五一、五二、五三、五四4个村划归松源镇管辖。调整后，松源镇辖41个行政村、5个社区，镇政府驻地不变（松源街28号）；屏都镇辖16个行政村，镇政府驻地不变（菊水村）（丽政发[2004]1号）（2004年3月1日 庆政发[2004]5号）。
2003年末，全县总面积1898平方千米，总人口19.79万人，辖7个镇、13个乡：松源镇、竹口镇、屏都镇、荷地镇、黄田镇、左溪镇、贤良镇；安南乡、隆宫乡、岭头乡、淤上乡、张村乡、四山乡、江根乡、官塘乡、龙溪乡、举水乡、合湖乡、五大堡乡、百山祖乡，共有5个社区、345个行政村。县政府驻松源镇石龙街32号。
2006年1月10日，浙江省人民政府（浙政函[2006]4号）批复同意庆元县安南乡政府驻地迁址：安南乡政府驻地由东村村迁至安溪村。2009年，全县辖7个镇、13个乡：松源镇、黄田镇、竹口镇、屏都镇、荷地镇、左溪镇、贤良镇、岭头乡、五大堡乡、淤上乡、安南乡、张村乡、隆宫乡、举水乡、江根乡、合湖乡、龙溪乡、百山祖乡、官塘乡、四山乡。
