据王逸《楚辞注》：“土高曰丘，四堕曰椒”。“山椒，山顶也。”据《清一统志》：覆釜山“在全椒县治北，形如覆釜，故名。城跨其上，为县治主山。”县治在山上，因名全椒。
隋大业初置全椒县，属扬州，唐属滁州。1949年属滁县专区，1956年改属蚌埠专区，1961年复属滁县专区，1992年为滁州市辖县。
1996年，全椒县面积1568平方千米，人口约43.1万人，辖7个镇、10个乡：襄河镇、古河镇、马厂镇、武岗镇、大墅镇、石沛镇、二郎口镇、陈浅乡、十字乡、周岗乡、管坝乡、复兴乡、草庵乡、小集乡、章辉乡、西王乡、程家市乡。县政府驻襄河镇。
1997年末，全县面积1530平方千米，人口44.1万人，辖17个乡镇。
2000年第五次人口普查，全椒县常住总人口413220人，其中，襄河镇57090人、古河镇19878人、大墅镇13888人、二郎口镇19175人、武岗镇8420人、马厂镇14877人、石沛镇9984人、章辉镇11879人、西王镇7335人、六镇镇13012人、程家市乡10050人、草庵乡9069人、管坝乡7846人、周岗乡3992人、复兴乡5437人、十字乡10472人、陈浅乡10548人、赤镇未批乡10707人、新兴未批乡8587人、石溪未批乡7824人、黄集未批乡6961人、蔡集未批乡6642人、卜集未批乡9171人、东王未批乡7850人、官渡未批乡5447人、中心未批乡6845人、白酒未批乡10654人、南屏未批乡21984人、隆兴未批乡6792人、孤山未批乡3898人、三合未批乡6208人、黄庵未批乡9318人、黄粟树未批乡7192人、八波未批乡10565人、谭墩未批乡6422人、界首未批乡7145人、城东未批乡20056人。
2004年末，全椒县辖10个镇、7个乡：襄河镇、古河镇、大墅镇、二郎口镇、武岗镇、马厂镇、石沛镇、章辉镇、西王镇、六镇镇、程家市乡、草庵乡、管坝乡、周岗乡、复兴乡、十字乡、陈浅乡。
2007年，全椒县乡镇行政区划进行调整：保留襄河镇、古河镇和武岗镇三个乡镇；撤销原十字乡、陈浅乡、周岗乡、石沛镇、马厂镇、大墅镇、西王镇、管坝乡、章辉镇、程家市乡、二郎口镇、复兴乡、六镇镇、草庵乡十四个乡镇；新设十字镇（由原十字乡、陈浅乡合并设立）、六镇镇、二郎口镇、大墅镇、马厂镇、西王镇、石沛镇七个镇。
2010年第六次人口普查，全椒县常住总人口383885人，其中，襄河镇138554人，古河镇29512人，大墅镇31539人，二郎口镇39146人，武岗镇15548人，马厂镇28557人，石沛镇17602人，十字镇31266人，西王镇17795人，六镇镇34366人。
