西周建制始为蓼国，故称蓼城。南朝梁置霍邱戌。隋开皇十九年（599年）置霍邱县。据《读史方舆纪要》：“志云：周成王时，霍叔迁于此，县因以名。”
1996年，霍邱县面积3774平方千米，人口约155.7万人，辖14镇22乡：城关镇、长集镇、叶集镇、河口镇、姚李镇、临水镇、周集镇、马店镇、石店镇、扈胡镇、新店镇、孟集镇、洪集镇、花园镇、孙岗乡、三元乡、众兴乡、曹庙乡、夏店乡、岔路乡、乌龙乡、龙潭乡、高塘乡、白莲乡、邵岗乡、冯井乡、三流乡、范桥乡、潘集乡、彭塔乡、冯瓴乡、宋店乡、王截流乡、姜家湖乡、城西湖乡、朱港乡。县政府驻城关镇。
1998年12月4日，安徽省委、省政府批准在叶集设立全省第一个改革发展试验区，行使县级管理权限，直属当时的六安地委、行署领导，管辖范围为叶集镇和孙岗、三元两乡，总面积320平方千米，总人口15.1万人。
2000年第五次人口普查，霍邱县常住总人口1461066人，其中（22个镇、14个乡），城关镇101571人，河口镇23775人，周集镇29333人，临水镇47637人，新店镇65040人，石店镇44838人，马店镇35527人，孟集镇44962人，花园镇33195人，扈胡镇51399人，长集镇28981人，洪集镇35456人，姚李镇47059人，乌龙镇32316人，高塘镇47933人，龙潭镇35179人，岔路镇26964人，冯井镇51793人，众兴集镇28929人，夏店镇29770人，曹庙镇27526人，叶集镇82392人，朱港乡35817人，王截流乡44269人，范桥乡28832人，姜家湖乡43527人，城西湖乡47712人，宋店乡40041人，三流乡30809人，邵岗乡26407人，白莲乡29616人，潘集乡41721人，冯瓴乡40770人，彭塔乡35211人，孙岗乡36510人，三元乡28249人。
2004年，霍邱县乡镇由36个调整为35个（22个镇、13个乡）：撤销朱港乡，将朱港乡整建制并入周集镇。
2007年末，全县总面积3493.16平方千米，总人口1602132人，辖32个乡镇，25个社区、680个行政村，3652个村民组。（数据不包括叶集经济开发区）
2008年末，全县总面积3493.16平方千米，总人口1625290人，辖32个乡镇，25个社区、680个行政村，3652个村民组。（数据不包括叶集经济开发区）
2010年第六次人口普查，霍邱县常住总人口1380368人，其中，城关镇108924人，河口镇21631人，周集镇57947人，临水镇50996人，新店镇54685人，石店镇39549人，马店镇35713人，孟集镇46793人，花园镇32887人，扈胡镇45688人，长集镇28072人，洪集镇31492人，姚李镇46271人，乌龙镇34646人，高塘镇38624人，龙潭镇29901人，岔路镇28894人，冯井镇60339人，众兴集镇27345人，夏店镇31056人，曹庙镇28337人，镇区办事处61008人，平岗办事处15159人，彭塔乡32864人，王截流乡33021人，范桥乡26663人，临淮岗乡34678人，城西湖乡41009人，宋店乡35326人，三流乡29020人，邵岗乡24152人，白莲乡30141人，潘集乡38113人，冯瓴乡41352人，孙岗乡32668人，三元乡25404人。
2014年，撤销三元乡，设立三元镇（民地字[2014]153号）。2015年10月13日，国务院（国函[2015]181号）批复同意设立六安市叶集区，将霍邱县的叶集镇、三元镇、孙岗乡划归叶集区管辖，以叶集镇、三元镇、孙岗乡的行政区域为叶集区的行政区域，叶集区人民政府驻叶集镇花园路88号。
2016年8月，将霍邱县的姚李镇、洪集镇划归叶集区管辖。调整后，霍邱县面积3487平方千米，人口160.05万人，辖21个镇、9个乡，398个行政村。
