汉初闽越王首建冶城，宋熙宁二年（公元1069年）郡守在城楼置铜壶滴漏报时，郡守程师孟于城楼置铜壶滴漏报时，谓之鼓楼，“鼓楼”因此得名。1946年1月福州建市时即置鼓楼区，与大根区并列市辖区。1949年8月17日福州解放后，仍为市辖区，设区公所；1951年改设区人民政府；1955年改称区人民委员会；1956年大根区并入；1968年9月更名为红卫区，1978年4月恢复鼓楼区。
1955年11月，设鼓东、鼓西、华大、新民4个街道办事处。1956年5月，撤销大根区，并入鼓楼区，所辖东街、南街、安泰、道山、水部、河西、东门7个街道办事处归鼓楼区管辖。1957年12月，撤销新民街道办事处，并入华大街道办事处；撤销道山街道办事处，分并于安泰、南街街道办事处；撤销河西街道办事处，分并于东街、东门街道办事处。
1970年2月，郊区洪山公社并入红卫公社，连同新店公社划归红卫区。1975年5月，新店公社复归郊区。7月，红卫公社划归蔬菜区。1981年10月，增设五四街道办事处。1986年11月，增设王庄新村街道办事处。
1995年10月27日，国务院（国函[1995]102号）批复同意调整福州市市辖区的行政区域：鼓楼区辖水部、安泰、东街、鼓东、鼓西、华大、南街7个街道，五四街道的思儿亭、汤边2个居委会，东门街道的东大、温泉、金汤、琼河、东水、琼新、河西、河东、东湖、澳桥、汤门11个居委会，从原郊区划入的洪山镇和新店镇的义井、湖前2个居委会，从台江区划入的茶亭街道的斗中、西营里、福中、九福庵4个居委会。区人民政府驻地不变。将王庄新村、东门、五四3个街道和水部街道的紫阳、紫新、砌池、丝绸厂、福马5个居委会划归晋安区管辖。
1997年，省民政厅批复同意洪山镇划出公正村委会归鼓东街道管辖，划出水部村委会归水部街道管辖，划出温泉村委会归温泉街道管辖，划出西门村委会归鼓西街道管辖，划出华大、泉塘、五凤3个村委会归五凤街道管辖；鼓西街道划出西河、怡山、物检、凤湖、祭酒岭5个居委会归洪山镇管辖。
2000年第五次人口普查，鼓楼区常住总人口559858人，其中：鼓东街道39267人，鼓西街道54435人，温泉街道48391人，东街街道28924人，南街街道54169人，安泰街道33166人，华大街道66557人，水部街道34546人，五凤街道79406人，洪山镇120997人。
2001年，鼓楼区辖东街、五凤、华大、鼓西、鼓东、温泉、南街、安泰、水部9个街道办事处和洪山镇，设76个居委会、15个村委会。
2004年，鼓楼区总人口56万人。辖9个街道、1个镇：华大街道、鼓东街道、鼓西街道、南街街道、安泰街道、东街街道、水部街道、温泉街道、五凤街道、洪山镇。共有76个社区、5个行政村。
2010年第六次人口普查，鼓楼区常住总人口687705人，其中：鼓东街道40769人，鼓西街道67420人，温泉街道67911人，东街街道32438人，南街街道45663人，安泰街道33305人，华大街道101489人，水部街道45746人，五凤街道109429人，洪山镇143535人。
