1958年辟为厦门工业区，1978年改杏林区。1996年，杏林区面积234平方千米，人口约19万人，辖杏林1个街道和杏林、海沧、东孚3个镇，区政府驻杏林街道。
2000年第五次人口普查，杏林区常住总人口227007人，其中：杏林街道56433人，杏林镇84092人，东孚镇27434人，海沧镇59048人。
2002年9月，省政府（闽政文[2002]269号）同意调整杏林区部分行政区划：划出杏林镇新杏村、霞阳村和东孚镇祥露村归海沧镇管辖。
2003年4月26日，国务院批准同意将厦门市杏林区的杏林街道办事处和杏林镇划归厦门市集美区管辖，杏林区更名为海沧区。区政府驻地由杏林南路29号迁至海沧镇。全区辖海沧、东孚2个镇。
2010年第六次人口普查，海沧区常住总人口288739人，其中：海沧街道145958人，新阳街道97096人，东孚镇41373人，第一农场2052人，海沧农场2168人，天竺山林场61人，出口加工区31人。
2015年1月22日，省政府批复同意（闽政文[2015]19号）撤销东孚镇，设立东孚街道。至此，全区辖4个街道：海沧街道、新阳街道、嵩屿街道、东孚街道。
