2003年4月26日，国务院批准同意设立厦门市翔安区，将厦门市同安区所辖新店、新圩、马巷、内厝、大嶝5个镇划归翔安区管辖。区政府驻新店镇。10月19日，翔安区正式挂牌成立，辖新店镇、新圩镇、马巷镇、内厝镇、大嶝镇5个镇。
2005年9月28日，省政府（闽政文[2005]457号）批复同意撤销大嶝镇，设立大嶝街道，街道办事处驻原大嶝镇驻地西田。调整后，翔安区辖1个街道、4个镇：大嶝街道、新店镇、新圩镇、马巷镇、内厝镇。
2010年第六次人口普查，翔安区常住总人口304333人，其中：大嶝街道18328人，马巷镇117606人，新圩镇36141人，新店镇92770人，内厝镇37254人，大帽山农场2234人。
