汉高祖六年（公元前201年）始置县，因《山海经》所记“南方有赣巨人”而得名。另有一说，因二水于赣州合流成赣江，以此得名。西汉属豫章郡，县治溢浆溪。莽新隶九江郡。东汉复为豫章郡。兴平二年（195）孙策分豫章郡置庐陵郡，赣县属之。三国吴嘉和五年（236）分庐陵郡置南部都尉，赣县属之。同年析赣县地置平阳县（太康元年改名平固县）。
西晋太康三年（282）改南部都尉为南康郡，赣县隶南康郡。太康十年（289）县治徙葛姥故城（今章贡区水东一带）。东晋永和五年（349），郡、县治徙章贡二水之间（今赣州市区）。刘宋改郡为国，赣县属南康国。齐复南康郡，梁、陈因之。陈时，赣县与南康县互易其名。隋大业元年（605）互复原名。开皇九年（589），改南康郡为虔州。同年平固县归并赣县。至隋、唐，赣县均属虔州。
五代杨吴属百胜军。南唐改昭信军。宋开宝八年（975）复称州，赣县仍属虔州。太平兴国七年（982）析赣县7个乡（原平固县地）置兴国县。绍兴二十三年（1153）取章贡二水合流之义改虔州为赣州，赣县属之。元属赣州路。明、清属赣州府。民国先后属直隶省或属赣南道、第十一行政区、赣南专区及第九、第四行政区。
第二次国内革命战争时期曾建立赣县苏维埃政府。1949年8月14日赣县解放，属赣州专区，析赣州镇置赣州市。赣县先后属赣南行政区（1949年11月）、赣州专区（1951年6月）、赣南行政区（1954年6月）、赣州专区（1964年5月）、赣州地区（1968年2月）、赣州市。县政府驻地原在赣州市南外东阳山，1969年7月迁梅林，新建梅林镇。2016年，撤销赣县，设立赣州市赣县区。
1987年4月5日，湖江乡分为湖江乡、古田乡、湖新乡三个乡（赣府厅字[1987]165号批复）。1988年9月12日，撤销江口乡、王母渡乡、沙地乡、田村乡，设立江口镇、王母渡镇、沙地镇、田村镇（赣民函[1988]101号批复）。1990年10月16日，设立攸镇乡（赣民字[1990]137号批复）。1993年11月17日，撤销南塘乡，设立南塘镇（赣民字[1993]167号批复）。1995年9月29日，撤销吉埠乡，设立吉埠镇（赣民字[1995]185号批复）。1996年3月19日，撤销茅店乡，设立茅店镇（赣民字[1996]53号批复）。2000年5月8日，撤销五云乡，设立五云镇（赣民字[2000]104号批复）。
2000年第五次人口普查，赣县常住总人口492065人，其中，梅林镇48630人、王母渡镇36880人、沙地镇25419人、江口镇32912人、田村镇32564人、南塘镇37863人、茅店镇23387人、吉埠镇27848人、五云镇19581人、阳埠乡19643人、韩坊乡28845人、大埠乡16570人、小坪乡6339人、长洛乡10377人、大田乡12686人、古田乡8902人、湖新乡8947人、湖江乡18282人、储潭乡16560人、石芫乡13735人、三溪乡11997人、白石乡11228人、白鹭乡13570人、攸镇乡9300人。
2001年9月6日，撤销小坪乡，划归韩坊乡（赣民字[2001]569号批复）。2001年9月6日，撤销古田乡、湖新乡，划归湖江乡；撤销白石乡，划归田村镇；撤销攸镇乡，划归沙地镇（赣民字[2001]438号批复）。
2002年末，赣县辖9个镇、10个乡，14个居委会、315个行政村。县政府驻梅林镇。
2003年末，全县总人口55.7万人。辖9个镇、10个乡：梅林镇、王母渡镇、沙地镇、江口镇、田村镇、南塘镇、茅店镇、吉埠镇、五云镇、韩坊乡、阳埠乡、大埠乡、长洛乡、大田乡、湖江乡、储潭乡、石芫乡、三溪乡、白鹭乡。
2010年8月5日，《江西省民政厅关于同意赣县湖江乡撤乡设镇的批复》（赣民字〔2010〕118号）：经省人民政府批准，同意撤销湖江乡，设立湖江镇。
2010年第六次人口普查，赣县常住总人口546964人，其中，梅林镇93711人，王母渡镇36941人，沙地镇35961人，江口镇37182人，田村镇40097人，南塘镇39785人，茅店镇26417人，吉埠镇27757人，五云镇20715人，韩坊乡33199人，阳埠乡20305人，大埠乡17421人，长洛乡10650人，大田乡12387人，湖江乡38954人，储潭乡17853人，石芫乡13059人，三溪乡10788人，白鹭乡12205人，赣县经济开发区1577人。
2011年11月28日，《江西省民政厅关于同意赣县储潭乡撤乡设镇的批复》（赣民字〔2011〕136号）：经省人民政府批准，同意撤销储潭乡，设立储潭镇。2015年，省民政厅（赣民字〔2015〕1号）批复：经省人民政府批准，同意撤销韩坊乡，设立韩坊镇。
2016年，《国务院关于同意江西省调整赣州市部分行政区划的批复》（国函〔2016〕156号）：同意撤销赣县，设立赣州市赣县区，以原赣县的行政区域为赣县区的行政区域，赣县区人民政府驻梅林镇梅林大街5号。
