据同治十一年《会昌县志》，会昌自汉至唐属雩都县地，古称九州镇。北宋太平兴国七年（982年）析雩都县六乡之九州镇置会昌县，适逢镇人凿井得砖十二块，砖上刻有“会昌”（唐武宗年号）篆字，故以“会昌”为县名。”元大德元年（1297年），会昌由县升为州，管辖会昌、瑞金两县。明洪武初年，将州返县，隶属赣州府至清。民国初年属赣南道。
1929年，建立中共筠门岭地下区委；1931年10月成立会昌县苏维埃政府和中共会昌县委员会；1932年7月，会昌、寻乌、安远三县联合成立中心县委；1933年2月在会昌县内设会昌、筠门岭、西江三县；1934年9月三县合并为会昌县。1949年会昌解放后至1955年属宁都行政公署；1956年至今属赣州专区（地区）、赣州市。
1984年5月15日，设立小密乡、庄埠乡（赣府字[1984]112号）。1988年9月12日，撤销筠门岭乡、西江乡，设立筠门岭镇、西江镇（赣民函[1988]101号批复）。1995年9月29日，撤销周田乡、麻州乡、庄口乡，设立周田镇、麻州镇、庄口镇（赣民字[1995]185号批复）。1997年1月14日，撤销文武坝乡，设立文武坝镇（赣民字[1997]12号批复）。
2000年第五次人口普查，全县总人口388115人；其中：湘江镇35490人、筠门岭镇27740人、西江镇41442人、周田镇46601人、麻州镇24158人、庄口镇20438人、文武坝镇26882人、长岭乡7758人、清溪乡4294人、右水乡14250人、高排乡11941人、晓龙乡12566人、珠兰乡14726人、洞头乡8541人、中村乡7108人、站塘乡14194人、永隆乡7429人、富城乡13597人、小密乡15770人、凤凰岽乡10147人、庄埠乡7768人、自鹅乡15275人。
2002年底，会昌县辖6个镇、15个乡，8个居委会、278个行政村。县政府驻文武坝镇。2003年底，全县总人口43.39万人。
