两汉时，先后隶属雩都、揭阳、陂阳、虔化等县。三国吴嘉禾五年（公元236年），析雩都地置揭阳县，先后属庐陵郡、南康郡。晋太康五年（284年），改名陂阳县，属南康郡。隋开皇十三年（593年）省陂阳县入宁都县，置石城场，以境内“四面环山，耸峙如城”得名。开皇十八年属虔化。
南唐保大十一年（953年），升石城场为石城县。宋太平兴国元年（公元976年），属虔州。宋绍兴二十三年（1153年），属赣州。元元贞元年（1295年）属赣州路。明洪武二年（1369年）属赣州府。清乾隆十九年（1754年），划石城县为宁都直隶州辖。1914年属赣南道。1926年废道属江西省。1932年属江西省第十一行政区。
第二次国内革命战争时期，石城为中央苏区之地。1932年12月石城县划归福建省苏维埃政府辖，1933年3月复归江西省政府辖。1933年7月22日将木兰、高田及小松的罗溪划属赤水县，岩岭划属福建彭湃县。1933年8月16日，苏维埃中央政府划石城之南的横江、龙岗、大由、珠坑、洋地、罗家及瑞金的日东、湖陂，宁化的淮阳（淮土）等地增设太雷县为中央直属县，县委驻横江墟。
1949年9月30日解放，属瑞金专区，县政府驻琴江镇。1950年属宁都专区。1952年9月以后，先后属赣州专区、赣南行政区、赣州地区。1999年，属赣州市至今。
1988年12月10日，撤销横江乡、屏山乡、小松乡，设立横江镇、屏山镇、小松镇（赣民函[1988]138号批复）。1997年l月14日，撤销高田乡，设立高田镇（赣民字[1997]12号批复）。
1997年，全县面积1582平方千米，人口26.7万，辖5个镇、10个乡：琴江镇、小松镇、横江镇、高田镇、屏山镇、木兰乡、小别乡、丰山乡、岩岭乡、洋地乡、小姑乡、珠坑乡、龙岗乡、大由乡、观下乡。县政府驻琴江镇。
1998年4月7日，小别乡更名为长天乡（赣民字[1998]49号批复）。
2000年第五次人口普查，全县总人口265286人；其中：琴江镇35269人、小松镇30075人、屏山镇27204人、横江镇25147人、高田镇14030人、观下乡37928人、长天乡7138人、木兰乡10139人、丰山乡15891人、岩岭乡7849人、大由乡18494人、龙岗乡10390人、洋地乡7553人、小姑乡5363人、珠坑乡12816人。
2001年5月9日，撤销观下乡、长天乡，划归琴江镇；撤销岩岭乡，划归高田镇；撤销洋地乡、小姑乡，划归横江镇（赣民字[2001]202号批复）。
2002年底，石城县辖5个镇、5个乡，8个居委会、140个行政村。2003年底，全县总人口30.3万人。
