秦始皇二十六年（前221），始设庐陵县，隶属九江郡，县治在今泰和县西3里。《水经注》说它是因泸水而得名。汉高祖元年（前206），庐陵县属九江王国。高祖五年（前202），属豫章郡。初平二年（191），分豫章立庐陵郡，县名高昌，属庐陵郡。晋太康元年（280），庐陵郡治迁石阳，县属沿旧。咸康八年（342），移庐陵治于今吉安市区，石阳县随徙。南朝梁天监元年（502），高昌县并入石阳县，隶属庐陵郡，郡县同治所。
民国元年（1912）废府撤道，民国三年（1914）改庐陵县为吉安县，属庐陵道。民国十五年，直属江西省。民国二十一年，属第九行政区。民国二十四年，属第三行政区。1949年7月16日吉安县解放。7月28日，奉令析吉安县石阳镇置吉安市，同属吉安分区。1949年9月，吉安分区改为吉安专区。1958年11月，吉安县并入吉安市，次年6月，县、市仍分治。1968年，吉安县专区改名井冈山地区，吉安县属井冈山地区。1979年改井冈山地区为吉安地区，吉安县属吉安地区。2000年，属地级吉安市。
1979年3月3日，江西省革命委员会批准同意吉安县驻地由吉安市市区迁至吉安县永太公社敦厚。同年同意吉安县设立敦厚镇（赣革发[1979]146号）。同年11月，县政府从吉安市区五岳观迁至新县城敦厚镇。
1984年，恢复天河、永阳镇，管辖原公社范围；油田公社分设油田、盘田乡；富田公社分设富田、云楼乡；大冲公社分设大冲、北源乡；官田公社分设官田乡、安塘乡；新圩公社分设新圩、文陂乡（赣府厅字[1984]198号）。1985年4月18日，设置值夏、横江、固江、万福、东固镇（赣府厅字[1985]231号）。
1987年4月5日，将樟山、长塘、兴桥三个乡划归吉安市管辖，将天玉乡的玉山、低坪、砖门三个行政村划归吉水县葛山乡管辖（赣府厅字[1987]166号批复）。1988年将盘田乡火气下村划归吉水县阜田镇。
1993年，撤销永和乡、新圩乡，设立永和镇、新圩镇（赣民字[1993]53号批复）。1994年1月5日，设立凤凰乡，管辖区域为横江镇的凤凰、屋场、石塘、钱塘、村前、曾家坊、土洲、仓下行政村和车头行政村的3、4、5、6、7、8、13、14等八个村民小组以及永和镇的康家、龙陂、曲塘、九龙行政村，乡政府驻凤凰村（赣民字[1994]1号批复）。
1997年，吉安县面积2770平方千米，人口54.5万。辖10镇19乡。县政府驻敦厚镇。
2000年第五次人口普查，全县总人口409606人；其中：敦厚镇46943人、永阳镇26710人、天河镇17703人、横江镇17704人、固江镇18746人、万福镇35657人、永和镇26312人、桐坪乡31620人、北源乡16321人、大冲乡12262人、盘田乡11446人、油田乡13029人、涅田乡15958人、梅塘乡21422人、高塘乡11511人、登龙乡15381人、安塘乡11833人、官田乡12813人、敖城乡12872人、指阳乡11088人、前岭乡5876人、凤凰乡16399人。
2000年12月8日，撤销桐坪乡、凤凰乡，设立桐坪镇、凤凰镇（赣民字[2001]368号批复）。2001年12月3日，撤销高塘乡，划归敦厚镇；撤销前岭乡、敖城乡，合并设立敖城镇；撤销盘田乡、油田乡，合并设立油田镇（赣民字[2001]569号批复）。2002年底，吉安县辖11个镇、8个乡，11个居委会、317个行政村。
2003年8月19日，将油田镇鹤洲行政村划归万福镇管辖（赣民字[2003]189号批复）。2003年底，全县总人口43.6万人。2005年末全县总人口43.75万人，其中乡村人口为35.24万人，城镇人口8.51万人。全县辖11个镇、8个乡：敦厚镇、永阳镇、天河镇、横江镇、固江镇、万福镇、永和镇、桐坪镇、凤凰镇、油田镇、敖城镇、北源乡、大冲乡、里田乡、梅塘乡、登龙乡、安塘乡、官田乡、指阳乡。（16个居委会、314个行政村）。
2010年4月7日，撤销梅塘乡，设立梅塘镇，镇政府仍驻栗塘（赣民字[2011]33号批复）。
