秦始皇二十六年（公元前221年）置新淦县。因当时县治临近紫淦山及淦水，因而得名。1957年，因字生僻，改新淦县为新干县。
1984年，恢复金川镇，管辖原金川公社范围（赣府厅字[1984]198号）。1985年6月19日，三湖乡改设镇建制（赣府厅字[1985]340号）。1993年，撤销大洋洲乡、七琴乡，设立大洋洲镇、七琴镇（赣民字[1993]53号批复）。
1997年11月25日，撤销麦斜乡，设立麦斜镇（赣民字[1997]230号批复）。全县辖5镇9乡，面积1248.3平方千米，人口29.4万。
1998年5月31日，撤销塘头乡，设立塘头镇（赣民字[1998]222号批复），至此全县辖6个镇、8个乡。
2000年根据第五次人口普查数据，全县总人口286348人；其中：金川镇38162人、塘头镇23925人、三湖镇35563人、大洋洲镇22919人、七琴镇28159人、麦斜镇19156人、溧江乡17228人、桃溪乡12709人、城上乡12469人、潭丘乡17399人、神政桥乡9458人、沂江乡11004人、界埠乡21511人、荷浦乡16686人。
2001年12月3日，撤销塘头镇，划归金川镇，金川镇政府驻地迁至塘头（赣民字[2001]569号批复）。2002年底，新干县辖5个镇、8个乡，9个居委会、169个行政村。
2003年底，全县总人口30.2万人。2005年末全县总人口为305844人，其中非农业人口68927人，农业人口236917人。2006年末全县总人口为308198人，其中非农业人口68024人。
2010年12月28日，《江西省民政厅关于同意新干县界埠乡撤乡设镇的批复》（赣民字[2010]172号）：经省人民政府批准，同意撤销新干县界埠乡，设立界埠镇。新设立的界埠镇行政区域范围保持原界埠乡的行政区域范围不变，镇政府仍驻界埠。
2012年9月7日，《江西省民政厅关于同意新干县溧江乡撤乡设镇的批复》（赣民字[2012]120号）：经省人民政府批准，同意撤销新干县溧江乡，设立溧江镇。新设立的溧江镇行政区域范围保持原溧江乡的行政区域范围不变，镇政府驻原乡政府驻地。
