东汉建安四年为遂兴县之一部分。三国吴嘉禾四年改称新兴县，西晋太康元年复名遂兴县，万安皆属之。隋开皇十年，废遂兴县，其属地并入泰和县。南唐保大元年（943年）置万安镇。据传乃辟地得石符一帖，上有八分书云“地界两州，神秀所幡，更为都邑，万民以安”，故名万安。又因遂兴江口时起五色祥云，故又别称五云。古有“五云呈祥，万民以安”之誉。
宋熙宁四年（1071年）析龙泉县（今遂川县）永兴、和蜀，泰和（今泰和县）诚信，赣县（今赣县）龙泉等乡，置万安县，县治芙蓉镇，属吉州。1949年8月7日万安解放，先后属吉安专区、吉安地区、地级吉安市。
1987年3月17日，撤销上宏乡建制，所辖行政区域仍归泰和县苏溪乡管辖（赣府厅字[1987]126号批复）。1993年，撤销窑头乡、高陂乡、潞田乡，设立窑头镇、高陂镇、潞田镇（赣民字[1993]53号批复）。1996年12月20日，撤销枧头乡、五丰乡、沙坪乡，设立枧头镇、五丰镇、沙坪镇（赣民字[1996]290号批复）。
1997，全县面积2046.4平方千米，人口26.5万，辖7个镇、12个乡：芙蓉镇、窑头镇、高陂镇、潞田镇、五丰镇、枧头镇、沙坪镇、枫林乡、百嘉乡、韶口乡、罗塘乡、桂江乡、棉津乡、弹前乡、柏岩乡、武术乡、宝山乡、涧田乡、顺峰乡。
1998年4月7日，柏岩乡政府驻地迁至夏造，柏岩乡更名为夏造乡（赣民字[1998]51号批复）。1999年6月25日，撤销夏造乡，设立夏造镇（赣民字[1999]156号批复）。1999年12月6日，撤销百嘉乡，设立百嘉镇（赣民字[1999]262号批复）。至此，全县辖9个镇、10个乡。
2000年第五次人口普查，全县总人口268196人；其中：芙蓉镇25183人、五丰镇24823人、枧头镇17250人、窑头镇27964人、百加镇16869人、高陂镇11733人、潞田镇17227人、抄坪镇12791人、夏造镇13516人、枫林乡4243人、韶口乡17933人、罗塘乡13723人、挂江乡7432人、棉津乡6486人、弹前乡11364人、武术乡6825人、宝山乡11071人、涧田乡13695人、顺峰乡8068人。
2001年12月3日，撤销枫林乡，划归枧头镇；将五丰镇的五丰、建丰、东城、光明、龙溪、月明、金塘行政村划归芙蓉镇；撤销桂江乡、棉津乡，划归五丰镇，五丰镇政府驻地迁至中洲（赣民字[2001]569号批复）。
2002年底，万安县辖9个镇、7个乡，9个居委会、165个行政村。2003年底，全县总人口29.5万人。2005年末全县总人口为302518人。2006年末全县总人口为302722人。
