境内袁赣两水在萧滩镇合流后一段，波流澄澈，名为“清江”立县后即以水名县。樟树市以樟树镇（江西四大古镇之一）为名，以树命名樟树得名。自西周至春秋战国先后属吴、越、楚。秦建新淦县，县治淦阳即今樟树镇（樟树镇1988年撤销），樟树地属新淦。自汉高祖六年（前201年），樟树地分属新淦、建成、宜春三县。至东汉中平二年，析宜春置汉平县，县治在今樟树西南境的吴平圩，樟树地分属新淦、建成、汉平。三国时，孙吴改汉平为吴平。
北宋淳化三年（992年），割清江、新淦、新喻三县置临江军，清江为倚郭望县。治平三年（1066年），割新淦茂才乡、新喻思贤乡入清江县，县境由三乡增至五乡。元至元十四年（1277年），临江军改临江路，清江为上县。明洪武二年（1369年），改临江路为临江府，辖清江、新淦、新喻三县。清代府县隶属仍沿明制。民国二年至民国十四年，属庐陵道；民国十五年至二十年，直属省；民国二十一年至民国三十八年，先后属第一、二行政督察区。1930年10月至11月，在临江镇建立清江县苏维埃政府，属湘鄂赣边境特委领导。
1949年6月19日，在樟树镇建立清江县人民政府，同年7月15日迁临江镇，1950年3月27日迁回樟树镇，属南昌分区专员公署。1959年1月1日，改属宜春专区1978年改称宜春地区）。1987年12月清江县实行省计划单列。1988年10月13日，民政部（民批[1988]41号）批复，经国务院批准，同意撤销清江县，设立樟树市（县级），以原清江县的行政区域为樟树市的行政区域；12月，樟树市正式挂牌成立，由宜春地区代管。2000年5月22日，改由宜春市代管。
1996年3月19日，撤销店下乡、昌傅乡，设立店下镇、昌傅镇（赣民字[1996]50号批复）。1996年12月20日，撤销张家山乡，设立张家山镇（赣民字[1996]287号批复）。至此，全市面积1286平方千米，人口约51.6万人，辖4个街道、7个镇、10个乡：鹿江街道、淦阳街道、吴家巷街道、薛溪街道、临江镇、黄土岗镇、经楼镇、永泰镇、昌傅镇、张家山镇、店下镇、中洲乡、义成乡、山前乡、湛溪乡、洲上乡、刘公庙乡、洋湖乡、大桥乡、观上乡、阁山乡。市政府驻城区药都南大道19号。
