春秋战国属吴、越、楚管辖。秦、汉分属番县及馀汗县境。吴、晋至隋为鄱阳、馀干二县地。唐以后为鄱阳、馀干、乐平、贵溪四县属地。明正德七年（1512年），析鄱阳、余干（万春乡）、乐平、贵溪4县地置万年县，以县治于万年峰之阳而得名，隶饶州府。1912年隶浔阳道。1926年废道隶于省。1932年隶第四行政区。1935年改隶第六行政区。1949年4月28日万年解放，先后隶属鄱阳、乐平、浮梁专区。1952年9月隶上饶专区。2000年10月隶上饶市至今。
1984年，恢复青云镇、石镇（赣府厅字[1984]249号）。1985年4月18日，设立梨树坞、盘岭、马家、山家寨乡（赣府厅字[1985]230号）。
1991年6月5日，撤销梓埠乡，设立梓埠镇（赣民字[1991]93号批复）。1993年6月25日，中合乡驻地迁至湖云并更名为湖云乡（赣民字[1993]81号批复）。
1997年，辖6镇13乡，面积1135.5平方千米，人口33万。县政府驻陈营镇。
2000年第五次人口普查，全县总人口324922人，其中：陈营镇41929人、石镇镇23109人、青云镇20179人、梓埠镇38402人、大源镇11894人、裴梅镇12431人、湖云乡20486人、齐埠乡22046人、大黄乡15189人、汪家乡17810人、珠山乡15461人、上坊乡17908人、苏桥乡15762人、当下乡16054人、梨树坞乡8278人、盘岭乡5066人、山家寨乡6219人、马家乡3594人、珠田乡13105人。
2001年12月3日，撤销马家乡，划归陈营镇；撤销盘岭乡，划归大源镇；撤销山家寨乡，划归上坊乡（赣民字[2001]570号批复）。
2003年10月21日，撤销富林乡，成建制划归裴梅镇管辖（赣民字[2003]273号批复）。2003年底，全县总人口36.1万人。
2004年底，全县辖6镇9乡：陈营镇、石镇镇、青云镇、梓埠镇、大源镇、裴梅镇、湖云乡、齐埠乡、大黄乡、汪家乡、珠山乡、上坊乡、苏桥乡、南溪乡、珠田乡。
2006年1月20日，撤销珠山乡，成建制划归陈营镇管辖；撤销大黄乡，成建制划归石镇镇管辖；撤销南溪乡，成建制划归苏桥乡管辖（赣民字[2006]5号批复）。
