峄之名，一说源于峄南葛峄山（俗称天柱山），一说因境内多山、众山连络为绎，古“绎”与峄同。
1991年10月3日，撤销古邵乡，设立古邵镇。1996年12月25日，撤销金陵寺乡，设立金陵寺镇（鲁政函民字[1996]57号）。
1999年12月6日，撤销峄城区曹庄乡，设立曹庄镇（鲁政函民字[1999]33号）。至此，峄城区辖6个镇、9个乡。
2000年第五次人口普查，峄城区总人口339980人，其中：峄城镇49695人，底阁镇26023人，阴平镇30346人，古邵镇25586人，金陵寺镇17673人，曹庄镇18405人，棠阴乡29120人，王庄乡26026人，吴林乡20199人，肖桥乡12055人，左庄乡20408人，峨山乡14702人，甘露沟乡13173人，萝藤乡19458人，坊上乡17111人。
2001年底，全区总面积627.6平方千米。总人口35.54万人。辖2个街道、5个镇，466个行政村、10个居委会。
2002年底，全区总面积627.6平方千米。总人口35.53万人，其中非农业人口6.03万人。辖2个街道、5个镇，342个行政村（居委会）。
2003年底，全区总面积627.6平方千米。总人口36.02万人，其中非农业人口9.42万人。辖2个街道、5个镇，342个行政村（居委会）。
2007年底，全区总面积635.01平方千米。总人口37.2972万人，其中城镇人口12.4919万人，人口城镇化率33.5％。有少数民族13个，525人。辖2个街道、5个镇，343个行政村（居委会）。
