1996年12月27日，撤销昌邑市北孟乡、李家埠乡，设立北孟镇、李家埠镇（鲁政函民字[1996]62号）。1997年7月4日，撤销都昌镇，分别设立奎聚、都昌两个街道办事处（注：以原都昌镇北海路以东的行政区域设立奎聚街道办事处，以原都昌镇北海路以西的行政区域设立都昌街道办事处），将双台乡的北褚、南褚、东褚、前埠、后埠5个行政村，南逄乡的刘埠、王逄2个行政村，李家埠镇的高家道照、长埠2个行政村划归都昌街道办事处管辖（鲁政函民字[1997]28号）。1997年7月9日，撤销宋庄乡，设立宋庄镇（鲁政函民字[1997]31号）。至此，昌邑市辖2个街道、15个镇、6个乡。
2000年第五次人口普查，昌邑市总人口683182人，其中：奎聚街道52339人，都昌街道37342人，李家埠镇29325人，柳臆镇30103人，青乡镇19711人，龙池镇25526人，下营镇7909人，卜庄镇31930人，围子镇41922人，仓街镇27408人，宋庄镇30513人，石埠镇30738人，饮马镇44560人，北盂镇39933人，昨山镇35531人，丈岭镇24907人，塔耳堡镇32513人，南逢乡22445人，双台乡31126人，东冢乡18481人，夏店乡20300人，流河乡17850人，太保庄乡30770人。
2001年，昌邑市进行行政区划调整：李家埠镇划归奎聚街道，青乡镇划归柳疃镇，南逄乡划归都昌街道，下营镇和东冢乡划归夏店乡，仓街镇划归围子镇，流河乡划归石埠镇，塔耳堡镇划归丈岭镇。
2002年底，全市总面积1812平方千米。总人口68.03万人，其中非农业人口9.54万人。辖2个街道、11个镇、2个乡，818个行政村（居委会）。
2003年底，全市总面积1812平方千米。总人口67.7万人，其中非农业人口13万人。辖15个乡（镇、办事处），818个行政村（居委会）。
。2007年，将太保庄镇（连同峡山及峡山水库）划归潍坊市坊子区。
2009年，恢复下营镇，将卜庄镇荣乌高速公路以北大韩家、廒里、北张家庄、郇家、辛庄、小韩家、小刘家、常家、军营、小姜家庄、北赵家、北王家、李刘、裴家、吕家、西下营、东下营、曹家店、后柳、前柳、小院、大院、火道、滩子、北二甲、东辛店、胡家道口、冯家、海眼、张家寨、沟崖、王家庙、纪家、高家、杨家等35个行政村划归下营镇管辖，镇政府驻地设在下营镇港口路5号；成立石埠经济发展区。
