1993年8月25日，庆云县行政区划作了部分调整：撤销小郑乡，将其行政区域并入庆云镇，镇人民政府驻地由解集村迁至小郑村；撤销东郎坞乡，将其行政区域并入尚堂乡；撤销大丁庙乡，将其行政区域并入东辛店乡；撤销板营乡，将其行政区域并入常家乡；撤销杨和尚寺乡，将其行政区域并入中丁乡。1994年5月21日，将东辛店乡的杨庄子、李博士、西南马、王知县四个村划归后张乡。1995年6月20日，撤销尚堂乡、常家乡，设立尚堂镇、常家镇。
1996年，庆云县面积503.5平方千米，人口约26.5万人。辖4个镇、7个乡：庆云镇、尚堂镇、崔口镇、常家镇、大胡乡、大靳乡、中丁乡、后张乡、东辛店乡、严务乡、徐园子乡。县政府驻庆云镇。
2000年6月15日，撤销后张乡，将其行政区域并入庆云镇；撤销大胡乡，将其行政区域并入常家镇；撤销大靳乡，将其行政区域并入尚堂镇。至此，庆云县辖4个镇、4个乡：庆云镇、尚堂镇、常家镇、崔口镇、中丁乡、东辛店乡、徐园子乡、严务乡。
2000年第五次全国人口普查，庆云县常住总人口286427人，其中：庆云镇79171人，常家镇50451人，尚堂镇56445人，崔口镇14807人，严务乡21516人，东辛店乡26237人，中丁乡20836人，徐园子乡16964人。
2003年12月15日，庆云县设立渤海路街道办事处。将庆云镇的文西、文中、青北、新建、新中、新兴、光明、庆东、庆中、庆西等10个居委会和任店、范庵、洼于、小郑、杨习武、东歪柳树、西歪柳树、信家、东周、乔万、解集、姜杨李、窦家、柳家、刘南纯、甄家、齐家、都家、小李、东胡岭、西胡岭、养马王、撒家、小解、李云曲、东杜树刘、西杜树刘、郭家楼等28个村及常家镇的中石官堂、东石官堂、西石官堂等3个村，共41个村（居）划归渤海路街道办事处管辖，办事处机关驻渤海路20号。
2007年末，庆云县总面积502平方千米。总人口30.32万人，其中城镇人口8.9万人，人口城镇化率35％。有少数民族9个，8060人。辖1个街道、4个镇、4个乡：渤海街道、庆云镇、常家镇、尚堂镇、崔口镇、严务乡、东辛店乡、中丁乡、徐园子乡，共有381个行政村。县政府驻渤海街道。
2010年6月，经省政府批准，撤销东辛店乡，设立东辛店镇。调整后，全县辖1个街道、5个镇、3个乡：渤海街道、庆云镇、常家镇、尚堂镇、崔口镇、东辛店镇、严务乡、中丁乡、徐园子乡。
2010年第六次人口普查，庆云县常住总人口294684人，其中：渤海路街道62560人，庆云镇36135人，常家镇46801人，尚堂镇57241人，崔口镇13747人，东辛店镇23400人，严务乡19713人，中丁乡19070人，徐园子乡16017人。
