1989年12月2日，将齐河县的靳家乡、大王乡和桑梓店镇划归济南市历城区领导。1990年1月1日，济南市历城区桑梓店镇的油坊赵和大漠刘两村划归齐河县焦斌屯乡管辖，桑梓店园林场地段，齐河县与历城区以李家岸干渠东坝顶中心线向东100米为界。
1995年10月23日，撤销小周乡，设立祝阿镇。至此，齐河县面积1378.8平方千米，人口54万人。辖5个镇、16个乡：晏城镇、表白寺镇、祝阿镇、赵官镇、焦庙镇、大张乡、大夫营乡、大黄乡、马集乡、仁里集乡、务头乡、刘桥乡、华店乡、安头乡、宣章屯乡、胡官屯乡、南北乡、贾市乡、焦斌屯乡、富足店乡、潘店乡。县政府驻晏城镇。
1996年12月25日，撤销焦斌屯乡，设立焦斌屯镇（鲁政函民字[1996]58号）。至此，齐河县辖6个镇、15个乡：晏城镇、赵官镇、焦庙镇、表白寺镇、祝阿镇、焦斌屯镇、安头乡、大黄乡、宣章屯乡、南北乡、华店乡、刘桥乡、潘店乡、务头乡、仁里集乡、大张乡、马集乡、胡官屯乡、富足店乡、贾市乡、大夫营乡。
2000年6月15日，撤销南北乡、焦斌屯镇，将其行政区域并入晏城镇；撤销大张乡、仁里集乡，合并设立仁里集镇，仁里集镇人民政府驻原仁里集乡人民政府驻地；撤销潘店乡、务头乡，合并设立潘店镇，潘店镇人民政府驻原潘店乡人民政府驻地；撤销贾市乡，将其行政区域并入焦庙镇；撤销大夫营乡，将其行政区域并入祝阿镇；撤销胡官屯乡、富足店乡，合并设立胡官屯镇，胡官屯镇人民政府驻原胡官屯乡人民政府驻地；撤销宣章屯乡，设立宣章屯镇，其行政区域和人民政府驻地不变。至此，齐河县辖9个镇、5个乡：晏城镇、宣章屯镇、表白寺镇、祝阿镇、焦庙镇、胡官屯镇、赵官镇、潘店镇、仁里集镇、大黄乡、安头乡、华店乡、刘桥乡、马集乡。
2000年第五次全国人口普查，齐河县常住总人口593341人，其中：晏城镇125293人，表白寺镇29061人，焦庙镇52075人，赵官镇28946人，祝阿镇60447人，仁里集镇49280人，潘店镇49033人，胡官屯镇37868人，宣章屯镇23343人，华店乡23516人，安头乡22132人，马集乡30401人，刘桥乡35531人，大黄乡26415人。
2007年末，齐河县总面积1411平方千米。总人口61.62万人，其中城镇人口10.25万人，人口城镇化率16.6％。有少数民族24个，2970人。辖9个镇、5个乡和1个省级经济开发区、1个街道，1012个行政村、7个社区。
2010年，撤销晏城镇，设立晏城街道、晏北街道；撤销马集乡，设立马集镇。调整后，齐河县辖2个街道、9个镇、4个乡：晏城街道、晏北街道、表白寺镇、焦庙镇、赵官镇、祝阿镇、仁里集镇、潘店镇、胡官屯镇、宣章屯镇、马集镇、华店乡、安头乡、刘桥乡、大黄乡。县政府驻晏城街道。
2010年第六次人口普查，齐河县常住总人口602042人，其中：晏城街道82461人，晏北街道61485人，表白寺镇26972人，焦庙镇50590人，赵官镇31596人，祝阿镇57995人，仁里集镇47790人，潘店镇48546人，胡官屯镇35342人，宣章屯镇22506人，马集镇30208人，华店乡23684人，安头乡21609人，刘桥乡34649人，大黄乡26609人。
2013年，撤销华店乡、刘桥乡，设立华店镇、刘桥镇（鲁政函民字[2013]55号）。调整后，全县辖2个街道、11个镇、2个乡：晏城街道、晏北街道、表白寺镇、焦庙镇、赵官镇、祝阿镇、仁里集镇、潘店镇、胡官屯镇、宣章屯镇、马集镇、华店镇、刘桥镇、安头乡、大黄乡。
