县名因境内有唐山，属沼泽之丘而得名。《战国策》作天唐县，汉置高唐县。高诱注：“高，大也，唐，防也。高唐亦大防之意。”据《清一统志》：“齐高唐在禹城县南，汉高唐在西。二地虽殊，界实相近，今东昌府之高唐州，乃汉灵县也，取故名耳。”
西周时为用国之地，春秋时属齐为高唐邑，汉初置县。唐（武周）长寿二年更名崇武县，神龙元年复故。五代时后梁开平二年更名鱼丘县。后唐同光二年复故。后晋天福元年更名齐城县，后汉复故。元至元七年于县置州，领六县，直隶中书省。明代省县存州，领三县，属东昌府。清雍正八年为直隶州，二十年降属东昌府。1912年撤州为县。
1994年12月29日，撤销琉璃寺乡，设立琉璃寺镇。
1996年，高唐县面积948平方千米，人口约46.1万人。辖5个镇、10个乡：高唐镇、清平镇、尹集镇、梁村镇、琉璃寺镇、三十里铺乡、张大屯乡、姜店乡、杨屯乡、赵庄乡、南镇乡、赵寨子乡、韩寨乡、张庄乡、涸河乡。县政府驻高唐镇。
1996年10月31日，撤销涸河乡，设立涸河镇（鲁政函民[1996]47号）。1999年12月6日，撤销三十里铺乡，设立三十里铺镇（鲁政函民字[1999]35号）。至此，高唐县辖7个镇、8个乡。
2000年第五次全国人口普查，高唐县总人口456464人，其中：高唐镇78422人，梁村镇23319人，尹集镇30404人，清平镇35530人，琉璃寺镇33448人，固河镇30858人，三十里铺镇30679人，韩寨乡21094人，张庄乡20200人，赵寨子乡28520人，南镇乡24649人，赵庄乡25206人，杨屯乡26617人，姜店乡25976人，张大屯乡21542人。
2001年，高唐县辖7个镇、3个乡：高唐镇、清平镇、尹集镇、梁村镇、琉璃寺镇、三十里铺镇、涸河镇、姜店乡、杨屯乡、赵寨子乡。
2002年11月15日，省政府批复同意：高唐县撤销高唐镇，设立鱼邱湖街道办事处、人和街道办事处和汇鑫街道办事处。鱼邱湖街道办事处机关驻原高唐镇人民政府驻地一街村；人和街道办事处机关驻张庄村；汇鑫街道办事处机关驻韩屯村。2002年底，高唐县辖3个街道、6个镇、3个乡：鱼邱湖街道、汇鑫街道、人和街道、梁村镇、尹集镇、清平镇、固河镇、三十里铺镇、琉璃寺镇、杨屯乡、赵寨子乡、姜店乡。
2007年7月下旬至8月底，高唐县进行了行政村规模调整，全县行政村总数由612个调整为145个，新设立农村社区试点19个。2007年底，全县总面积949平方千米。总人口48.27万人，人口城镇化率42％。有少数民族21个，1140人。辖3个街道、6个镇、3个乡，188个行政村（居委会）。
2010年，撤销赵寨子乡和姜店乡，分别以其原行政区域设立赵寨子镇和姜店镇，镇政府驻地不变。2011年，撤销杨屯乡，设立杨屯镇。至此全县辖3个街道、9个镇：鱼邱湖街道、汇鑫街道、人和街道、梁村镇、尹集镇、清平镇、固河镇、三十里铺镇、琉璃寺镇、赵寨子镇、姜店镇、杨屯镇。县政府驻鱼邱湖街道。
