巨野县古系沼泽地区，因大野泽得名。《元和郡县志》：“泽在巨野县东五里。南北三百里，东西百余里。”《齐乘》云“梁山泊也。”西汉置巨野县。北齐撤销巨野县。隋开皇16年恢复巨野县。北宋属济州。1150年，黄河大决，淹没巨野，撤销巨野县。1269年（蒙古至元6年），恢复巨野县。
1985年10月24日，城关镇更名为巨野镇。1990年1月1日，山东省政府批准，将嘉祥县的核桃园乡划归巨野县管辖。1994年12月29日，撤销核桃园乡、独山乡，设立核桃园镇、独山镇。1995年10月23日，撤销柳林乡、夏官屯乡，设立柳林镇，夏官屯镇。至此，全县辖9镇18乡：巨野镇、夏官屯镇、大义镇、独山镇、核桃园镇、龙固镇、柳林镇、大谢集镇、章缝镇、田庄乡、万丰乡、葛店乡、吕官屯乡、薛扶集乡、田桥乡、陈集乡、大李集乡、双庙乡、王平坊乡、新城乡、太平乡、陶庙乡、丁官屯乡、昌邑乡、营里乡、张表乡、董官屯乡。总面积1308.3平方千米，总人口约85.3万人。县政府驻巨野镇。
1996年9月5日，将夏官屯镇更名为麒麟镇（鲁地名委[1996]9号）。2000年3月15日，撤销太平乡，设立太平镇（鲁政函民字[2000]27号）。2000年6月21日，撤销万丰乡、田庄乡，分别设立万丰镇、田庄镇，其行政区域和人民政府驻地不变（鲁政函民字[2000]50号）。至此，全县辖12个镇、15个乡。
2000年第五次人口普查，巨野县常住总人口839438人，其中：巨野镇72580人，龙蝈镇27045人，柳林镇30466人，章缝镇39544人，大义镇37447人，大谢集镇26445人，独山镇31253人，麒麟镇34155人，核桃园镇27249人，太平镇40569人，田庄镇27214人，万丰镇28869人，丁官屯乡27122人，吕官屯乡27910人，田桥乡34291人，大李集乡26482人，张表乡25511人，′王平坊乡14976人，陈集乡29395人，营里乡34308人，董官屯乡41975人，葛店乡29502人，昌邑乡23392人，陶庙乡33130人，双庙乡24694人，新城乡19363人，薛扶集乡24551人。
2002年2月22日，省政府批复同意：巨野县撤销董官屯乡，设立董官屯镇，其行政区域和人民政府驻地不变。2002年8月16日，省政府批复同意：巨野县撤销营里乡，设立营里镇；撤销田桥乡，设立田桥镇；以上2乡撤乡设镇后，其行政区域和人民政府驻地不变。（本站注：批准时间与上有矛盾，待查）。
2010年第六次人口普查，巨野县常住总人口860581人，其中：凤凰街道65039人，永丰街道92118人，龙固镇54953人，大义镇61542人，柳林镇50907人，章缝镇35603人，大谢集镇57075人，独山镇55139人，麒麟镇56147人，核桃园镇27488人，田庄镇47030人，太平镇42452人，万丰镇59034人，陶庙镇35539人，董官屯镇50416人，田桥镇36651人，营里镇33448人。
