唐初置夜郎县，后析置渭溪县，改夜郎县为峨山县，并为州、郡所冶。宋、元为卢阳县地。明置晃州驿，清置晃州直隶厅。1913年废厅置晃县，1956年12月成立新晃侗族自治县。
1996年，新晃侗族自治县面积1510平方千米，人口约24.7万人，侗族占75.4%。县政府驻新晃镇。辖4镇19乡（含2苗族乡）：新晃镇、波洲镇、鱼市镇、中寨镇、兴隆乡、大湾罗乡、方家屯乡、晏家乡、林冲乡、天堂乡、黄雷乡、凉伞乡、凳寨乡、茶坪乡、新寨乡、贡溪乡、扶罗乡、李树乡、禾滩乡、碧朗乡、洞坪乡、步头降苗族乡、米贝苗族乡。（296个行政村）
2000年第五次人口普查，新晃侗族自治县常住总人口241690人，其中（7镇16乡），新晃镇25768人，波州镇11443人，兴隆镇19405人，鱼市镇10727人，凉伞镇13137人，扶罗镇13686人，中寨镇13494人，步头降乡9904人，洞坪乡8203人，大湾罗乡8675人，方家屯乡13699人，晏家乡6228人，林冲乡6516人，天堂乡6504人，黄雷乡5925人，凳寨乡8087人，茶坪乡4178人，新寨乡8785人，贡溪乡11648人，李树乡9067人，禾滩乡8686人，碧朗乡7041人，米贝乡9158人，新晃汞矿1726人。
2004年，全县辖7个镇、16个乡（其中2个民族乡）：新晃镇、波洲镇、兴隆镇、鱼市镇、凉伞镇、扶罗镇、中寨镇、步头降苗族乡、洞坪乡、大湾罗乡、方家屯乡、晏家乡、林冲乡、天堂乡、黄雷乡、凳寨乡、茶坪乡、新寨乡、贡溪乡、李树乡、禾滩乡、碧朗乡、米贝苗族乡。
2010年第六次人口普查，新晃侗族自治县常住总人口244322人，其中，新晃镇35117人，波洲镇11593人，兴隆镇20116人，鱼市镇12091人，凉伞镇12313人，扶罗镇13302人，中寨镇11463人，步头降苗族乡10555人，洞坪乡8100人，大湾罗乡8617人，方家屯乡14393人，晏家乡5553人，林冲乡6289人，天堂乡6006人，黄雷乡5774人，凳寨乡7259人，茶坪乡4166人，新寨乡9033人，贡溪乡10819人，李树乡8713人，禾滩乡7751人，碧朗乡6676人，米贝苗族乡8623人。
2015年11月19日，省民政厅（湘民行发[2015]50号）批复同意：兴隆镇、方家屯乡、大湾罗乡、新晃镇成建制合并设立晃州镇。撤销晏家乡、天堂乡、黄雷乡、李树乡、碧朗乡、洞坪乡6个乡的建制。凳寨乡、茶坪乡、凉伞镇成建制合并设立凉伞镇；新寨乡、扶罗镇成建制合并设立扶罗镇。林冲乡、禾滩乡、贡溪乡撤乡设镇。调整后，全县辖9个镇、2个民族乡：晃州镇、波洲镇、鱼市镇、凉伞镇、扶罗镇、中寨镇、林冲镇、禾滩镇、贡溪镇、步头降苗族乡、米贝苗族乡。总面积1508平方千米，总人口27万人。县政府驻晃州镇。
