以深澳来属，有南澳山，在海中，县名由此。古称岛南、瀛南。隋朝始名南澳。明万历年间设南澳副总兵，建城于深澳，分属福建省、广东省。清雍正十年置南澳厅，驻海防同知。1912年设南澳县。1914年全境划归广东省，1958年并入饶平县，称南澳公社，1959年恢复县建制。
2000年第五次人口普查，南澳县常住总人口70352人，其中：后宅镇41713人，云澳镇16959人，深澳镇8582人，隆东镇3098人。
2002年，南澳县辖后宅、深澳、云澳、隆东4个镇，41个村委会、5个居委会。？年，隆东镇并入后宅镇。
2003年，南澳县辖后宅、深澳、云澳3个镇，共有5个居委会、41个村委会。全县总人口21623户72752人，其中：后宅镇12933户42312人，云澳镇5152户17642人，深澳镇1870户6603人，隆东镇910户3582人，青澳管委会758户2613人。
2008年末，南澳县面积110.82平方千米（广东省政区图册），户籍总人口72659人，其中非农业人口27128人。2009年末，南澳县辖3个镇，5个居委会、33个行政村。县政府驻后宅镇隆澳大街。
2010年第六次人口普查，南澳县常住总人口60304人，其中：后宅镇36972人，云澳镇14955人，深澳镇8377人。
2012年末，南澳县面积113.81平方千米（广东年鉴），常住人口6.09万人，户籍人口7.4万人。辖3个镇，2个区。
