端州地名始于隋。隋以前，一直为高要县治所在地。隋开皇九年（公元589年）置端州，为州治所在地。北宋徽宗重和元年（1118年），端州升为肇庆府。
1949年11月，首设县级肇庆市，后几经并撤。1988年3月，肇庆实行市管县新体制，原肇庆地区改称肇庆市，原肇庆市改为端州区，为肇庆市的城区。
2000年第五次人口普查，端州区总人口367742人，其中：城东·古塔街道78647人，城北·康乐街道78000人，城西街道75831人，城南街道4051人，黄岗镇65417人，睦岗镇54103人，星湖风景区虚拟街道2803人，站北路虚拟街道8890人。
2002年，端州区辖城东、城西、城南、城北、康乐、古塔6个街道和黄岗、睦岗2个镇，22个村委会、57个居委会。
2005年末，端州区辖城东、城西、城南、城北4个街道和黄岗、睦岗2个镇。
2009年末，端州区面积152平方千米，辖4个街道、2个镇，66个社区、22个行政村。区政府驻城东街道古塔中路15号。
