1988年1月7日，国务院批准撤销清远县，设立清远市（地级），原清远县分为清城、清郊两个市辖区（1992年清郊区改为清新县）。
2000年第五次全国人口普查，清城区总人口506680人，其中（5个街道、7个镇）：南门街道19096人、上廓街道24663人、下廓街道28756人、松岗街道56338人、小市街道47232人、附城镇40275人、洲心镇36705人、横荷镇48307人、源潭镇62953人、高桥镇14942人、龙塘镇51577人、石角镇61425人、扶贫经济开发区3575人、银盏林场2675人、畜牧水产示范场8161人。
2002年，清城区辖小市、南门、上廓、下廓、松岗、连江、城北等8个街道和附城、高桥、源潭、洲心、横荷、龙塘、石角7个镇，107个村委会、56个居委会。
2003年6月，清城区将小市、松岗、南门、上廓、下廓5个街道（一说8个街道）和附城、横荷、洲心、龙塘、石角、源潭、高桥7个镇撤并为凤城、东城、洲心、横荷4个街道和源潭、龙塘、石角3个镇，并于6月28日举行挂牌仪式：撤销上廓、下廓、南门和松岗街道，设立凤城街道；撤销附城镇，设立东城街道；撤销洲心镇、小市街道，设立洲心街道；撤销横荷镇，设立横荷街道。同时撤并了16个村委会。（尚不清楚高桥镇的变更）
2009年，广东省民政厅《关于同意清新县飞来峡镇划归清远市清城区管辖的批复》(粤民区[2009]5号)，将清新县飞来峡镇划归清城区管辖。2009年末，清城区面积1334.18平方千米，辖4个街道、4个镇，76个社区、71个行政村。区政府驻东城街道东城新区行政文化中心。
