1946年设莲南县，因在连县之南而得名。1958年改今名。
？年，连南瑶族自治县辖3个镇、9个乡：三江镇、寨岗镇、大麦山镇、金坑乡、涡水乡、寨南乡、山联乡、三排乡、南岗乡、大坪乡、香坪乡、盘石乡，83个管理区、3个居委会、1个城关办事处。
2000年第五次全国人口普查，连南瑶族自治县辖11个镇、1个乡。据数据，全县总人口133814人，其中：三江镇32399人、大麦山镇13802人、寨岗镇27800人、寨南镇8291人、南岗镇10362人、三排镇7909人、涡水镇6650人、金坑镇6581人、大坪镇9752人、香坪镇4948人、盘石镇4359人、山联乡961人。
2002年，连南瑶族自治县辖三江、寨岗、三排、南岗、寨南、涡水、盘石、香坪、大坪、金坑、大麦山11个镇和山联1个乡，83个村委会、2个居委会。
2004年，连南瑶族自治县由12个乡镇撤并为三江、寨岗、三排、涡水、香坪、大坪、大麦山7个镇。
2009年末，连南瑶族自治县面积1302.91平方千米，辖7个镇，2个居委会、69个行政村。县政府驻三江镇。
