汉元鼎六年（前111）属始安县地，唐至德二年（757）属临桂县。1913年划入桂林县，1940年为桂林市太沙、柘木、东附廓、西南附廓、三合、北附廓6乡，1950年设东郊、西郊、北郊3区，1954年3区合并为近郊区，1955年更名郊区，1984年重设郊区。
1996年底行政区划调整前，原桂林市郊区位于城区四周。面积541.8平方千米，人口约15万人。辖2个镇、7个乡：柘木镇、雁山镇、大河乡、朝阳乡、穿山乡、甲山乡、二塘乡、大埠乡、草坪回族乡。区政府驻市区依仁路。
1996年12月2日，国务院批准：将桂林市郊区更名为雁山区，并对桂林市市辖区的行政区划作相应调整。将原郊区大河乡、穿山乡的清风村划归叠彩区管辖。将原郊区甲山乡划归秀峰区管辖。将原郊区的二塘乡、柘木镇的同心、平山两个村和穿山乡的安新村划归象山区管辖。将原郊区的穿山乡（不含清风、安新两个村）、朝阳乡划归七星区管辖。雁山区辖原郊区的雁山镇、柘木镇（不含同心、平山两个村）、大埠乡、草坪回族乡。区人民政府驻雁山镇。
2000年第五次人口普查，雁山区总人口67833人，其中：雁山镇23811人，柘木镇26601人，大埠乡12704人，草坪回族乡4717人。
2003年雁山区行政区划（根据当年广西行政区划代码整理）
001雁山街道辖雁山街社区居委会。
100雁山镇辖东立、枫林、周家、文家、三合、果园、罗安、良丰、兴隆、竹园、莫家、云塘、五塘、茶江、三立15个村委会。
101柘木镇辖柘木街社区居委会；苏家、卫家渡、窑头、柘木、龙门、禄坊、李家、何家8个村委会。
200大埠乡辖汕坪、塘头、付上、草底、黄宿、八恺、黎家、大埠、付中、陶家、腊山11个村委会。
201草坪回族乡辖草坪街社区居委会；草坪、潜经、田村3个村委会。
2007年11月9日，雁山区政府迁至雁山镇雁山街389号。2011年3月30日，雁山街道办事处正式挂牌成立，辖雁山区城区部分（面积13.5平方千米），雁山镇辖原雁山镇农村部分。
