唐置思恩县，属环州。清增设安化厅，民国改安化县为宜北县。1951年，思恩、宜北合置环江县。1986年11月1日，国务院批准（国函[1986]152号）：撤销环江县，设立环江毛南族自治县。以原环江县的行政区域为环江毛南族自治县的行政区域。
1996年，环江毛南族自治县面积4572平方千米，人口约32.6万人。辖6个镇、9个乡（其中1个民族乡）：思恩镇、水源镇、洛阳镇、川山镇、明伦镇、上朝镇、大才乡、上南乡、下南乡、木论乡、大安乡、长美乡、东兴乡、龙岩乡、驯乐苗族乡。县政府驻思恩镇。
1999年12月28日，广西壮族自治区人民政府同意东兴乡改为镇建制，原辖行政区域不变（桂政函[1999]220号）。调整后，全县辖7个镇、8个乡（其中1个民族乡）：思恩镇、水源镇、洛阳镇、川山镇、明伦镇、东兴镇、上朝镇、大才乡、上南乡、下南乡、木论乡、大安乡、长美乡、龙岩乡、驯乐苗族乡。
2000年第五次人口普查，环江毛南族自治县总人口332067人。其中：思恩镇42736人，水源镇32169人，洛阳镇37857人，川山镇31770人，明伦镇31496人，东兴镇19383人，上朝镇11877人，大才乡10960人，上南乡4266人，下南乡17492人，木论乡5331人，大安乡20667人，长美乡24981人，龙岩乡19729人，驯乐苗族乡21353人。
2005年6月13日，广西壮族自治区政府（桂政函[2005]169号）同意调整环江毛南族自治县部分乡镇行政区划：撤销上朝镇，整建制并入驯乐苗族乡，驯乐苗族乡政府驻地不变；撤销上南乡，整建制并入水源镇，水源镇政府驻地不变；撤销木论乡，整建制并入川山镇，川山镇政府驻地不变。
全县现辖6个镇、6个乡（其中1个民族乡）：思恩镇、水源镇、洛阳镇、川山镇、明伦镇、东兴镇、大才乡、下南乡、大安乡、长美乡、龙岩乡、驯乐苗族乡。县政府驻思恩镇。
