明置巴马、篆甲、万冈、上隆等巡检司，清属百色直隶厅，1934年析恩隆县、百色县、凤山县、东兰县4地合置万冈县。1952年撤。1955年在原万冈县地设巴马瑶族自治县。1987年12月23日，国务院批准（国函[1987]185号）同意：将巴马瑶族自治县的板兰乡全部，东山、凤凰、羌圩三个乡的十七个村划归大化瑶族自治县。
1984年9月，将9个公社（镇）改为12个乡和1个镇，其中增设那社、局桑、平洞、板兰4个乡；城关公社改为燕洞乡，乡政府迁至燕洞；大队改为村民委员会，生产队改为村民小组。1987年8月，全县103个村民委员会改为村公所，另以自然村（屯）联合成立村民委员会608个；从羌圩乡分出成立乙圩乡。
1988年3月30日，《广西壮族自治区办公厅关于大化瑶族自治县行政区域范围的补充通知》同意将巴马瑶族自治县的板兰乡全部，凤凰乡的那色、京屯、巴、追、巴岩等4村，东山乡的弄冠村，羌圩乡的羌圩、坡马、艾圩、洪筹、那良、古龙、东杠、健康等8村，乙圩乡的乙圩、常吉、常怀、果好等4村划归大化瑶族自治县。1988年7月，划拨羌圩、乙圩、板兰3个乡20个行政村给新成立的大化瑶族自治县管辖，巴马县增设百林乡。
1996年，巴马瑶族自治县面积1980平方千米，人口约22.4万人。辖1个镇、11个乡：巴马镇、燕洞乡、甲篆乡、那社乡、所略乡、局桑乡、西山乡、平洞乡、东山乡、凤凰乡、那桃乡、百林乡。县政府驻巴马镇。
2000年第五次人口普查，巴马瑶族自治县总人口218724人。其中：巴马镇56034人，燕洞乡21665人，甲篆乡19778人，那社乡13764人，所略乡22333人，局桑乡8715人，西山乡10473人，平洞乡7517人，东山乡9470人，凤凰乡8681人，百林乡14377人，那桃乡25917人。
2003年，巴马瑶族自治县辖1个镇、11个乡：巴马镇、燕洞乡、甲篆乡、那社乡、所略乡、局桑乡、西山乡、平洞乡、东山乡、凤凰乡、百林乡、那桃乡。
2005年6月13日，广西壮族自治区政府（桂政函[2005]169号）同意调整巴马瑶族自治县部分乡镇的行政区划：撤销平垌乡，整建制并入西山乡，西山乡政府驻地不变；撤销局桑乡，整建制并入所略乡，所略乡政府驻地不变。
全县现辖1个镇、9个乡：巴马镇、燕洞乡、甲篆乡、那社乡、所略乡、西山乡、东山乡、凤凰乡、百林乡、那桃乡。县政府驻巴马镇。
