明置马湖府安边同知署，清设马边厅。1914年置马边县。因马边河得名。一说因在马湖之边故名。1984年改为马边彝族自治县。
1996年，马边彝族自治县面积2382.9平方千米，人口16.7万，其中汉族占63.8%，彝族占35.5%，辖1镇28乡：民建镇、劳动乡、建设乡、水碾坝乡、石梁乡、J坝乡、靛兰坝乡、民主乡、老河坝乡、下溪乡、荣丁乡、雪口山乡、温水凼乡、镇江庙乡、大竹堡乡、苏坝乡、烟峰乡、袁家溪乡、沙腔乡、三河口乡、二坪乡、涉水坝乡、瓦侯库乡、梅子坝乡、先家普乡、高卓营乡、白家G乡、铁觉乡、永红乡。县政府驻民建镇。
2000年第五次人口普查，马边彝族自治县总人口170425人，其中：民建镇12438人，荣丁镇13017人，劳动乡13831人，建设乡20471人，水碾坝乡7758人，石梁乡4045人，J坝乡4418人，靛兰坝乡5305人，民主乡11510人，老河坝乡5005人，下溪乡11654人，雪口山乡7718人，镇江庙乡3083人，大竹堡乡3421人，温水凼乡2073人，苏坝乡10741人，烟峰乡4491人，袁家溪乡3158人，沙腔乡3789人，三河口乡3913人，二坪乡1165人，涉水坝乡922人，瓦侯库乡1290人，梅子坝乡1557人，先家普乡1586人，高卓营乡3481人，自家湾乡2913人，铁觉乡2316人，永红乡3356人。
2004年，马边彝族自治县辖民建、荣丁2个镇和劳动、建设、水碾坝、石梁、J坝、靛兰坝、民主、老河坝、下溪、苏坝、烟烽、袁家溪、沙腔、三河口、二坪、雪口山、镇江庙、大竹堡、温水凼、涉水坝、瓦侯库、梅子坝、先家普、高卓营、白家湾、铁觉、永红27个乡。
2005年7月12日，四川省人民政府（川府民政[2005]23号）批准：马边彝族自治县乡镇行政区划建制由原来的2个镇、27个乡调整为2个镇、18个乡。具体如下：（一）撤销铁觉、温水凼、水碾坝、先家普、涉水坝、瓦侯库、白家G、二坪、靛兰坝9个乡建制。（二）扩大8个乡镇的行政区域。将水碾坝乡及建设乡的东光、光明、永乐、红旗4个村，劳动乡的星火村所属的行政区域并入民建镇。民建镇政府驻华西大道。将铁觉乡所属的行政区域并入高卓营乡。高卓营乡政府驻高卓营。将温水凼乡所属的行政区域并入雪口山乡。雪口山乡政府驻雪口山。将先家普、涉水坝2个乡所属的行政区域并入三河口乡。三河口乡政府驻三河口。将瓦侯库乡所属的行政区域并入梅子坝乡。梅子坝乡政府驻阿吉觉坝。将白家G乡所属的行政区域并入烟峰乡。烟峰乡政府驻烟峰。将二坪乡所属的行政区域并入沙腔乡。沙腔乡政府驻鄢家雕。将靛兰坝乡所属的行政区域并入J坝乡。J坝乡政府驻J坝。
2005年，马边彝族自治县辖民建、荣丁2个镇和劳动、建设、石梁、J坝、民主、老河坝、下溪、苏坝、烟烽、袁家溪、沙腔、三河口、雪口山、镇江庙、大竹堡、梅子坝、高卓营、永红18个乡。
2010年第六次人口普查，马边彝族自治县常住总人口176530人，其中：民建镇37993人，荣丁镇10922人，劳动乡11054人，建设乡11233人，石梁乡3263人，荞坝乡7628人，民主乡9385人，老河坝乡3974人，下溪乡9346人，雪口山乡10708人，镇江庙乡2841人，大竹堡乡3533人，苏坝乡12052人，烟峰乡9099人，袁家溪乡3930人，沙腔乡6368人，三河口乡8289人，梅子坝乡3631人，高卓营乡7003人，永红乡4278人。
2014年，省政府（川府民政[2014]16号）批复同意撤销烟峰乡、苏坝乡、下溪乡，设立烟峰镇、苏坝镇、下溪镇。调整后，全县辖5个镇、15个乡：民建镇、荣丁镇、烟峰镇、苏坝镇、下溪镇、劳动乡、建设乡、石梁乡、J坝乡、民主乡、老河坝乡、雪口山乡、镇江庙乡、大竹堡乡、袁家溪乡、沙腔乡、三河口乡、梅子坝乡、高卓营乡、永红乡。
