西汉属蜀郡西部，都尉地，唐属吐蕃，清属打箭炉厅。民国3年（1914）置九龙设治局，民国15年（1926）置九龙县。因县及周围有三岩龙、八窝龙、洪坝龙、湾坝龙、速窝龙、雪洼龙、三垭龙、菩萨龙、麦地龙等九个名龙的地方（村）合置而得名。原属西康省，1955年撤销西康省划归四川省至今。
2000年，九龙县面积6770.2平方千米，人口4.7万人，以藏族为多，还有汉、彝等民族。辖1个镇、17个乡（其中7个民族乡）：呷尔镇、汤古乡、上团乡、八窝龙乡、斜卡乡、三岩龙乡、乃渠乡、魁多乡、子耳彝族乡、俄尔彝族乡、小金彝族乡、朵洛彝族乡、湾坝彝族乡、乌拉溪乡、踏卡彝族乡、烟袋乡、洪坝乡、三垭彝族乡。县政府驻呷尔镇。
2000年第五次人口普查，九龙县常住总人口50816人，其中：呷尔镇9188人，汤古乡1564人，斜卡乡913人，三岩龙乡2629人，上团乡739人，八窝龙乡1341人，乃渠乡2547人，乌拉溪乡2871人，烟袋乡4852人，魁多乡5015人，子耳彝族乡3123人，三垭彝族乡2399人，俄尔彝族乡2110人，小金彝族乡1861人，朵洛彝族乡1149人，踏卡彝族乡3146人，湾坝彝族乡4622人，洪坝乡747人。
2004年，九龙县辖呷尔1个镇和乃渠、汤古、三岩龙、八窝龙、上团、斜卡、烟袋、魁多、乌拉溪、洪坝、子耳彝族、三垭彝族、俄尔彝族、朵洛彝族、踏卡彝族、小金彝族、湾坝彝族17个乡（其中7个民族乡）。
2010年第六次人口普查，九龙县常住总人口62133人，其中：呷尔镇14986人，汤古乡1909人，斜卡乡1717人，三岩龙乡2349人，上团乡714人，八窝龙乡1128人，乃渠乡2991人，乌拉溪乡3894人，烟袋乡4738人，魁多乡5360人，子耳彝族乡3528人，三垭彝族乡2443人，俄尔彝族乡2136人，小金彝族乡2324人，朵洛彝族乡1231人，踏卡彝族乡3772人，湾坝彝族乡5888人，洪坝乡1025人。
2013年，省政府（川府民政[2013]17号）批复同意撤销烟袋乡，设立烟袋镇，辖原烟袋乡所属行政区域。调整后，全县辖2个镇、16个乡（其中7个民族乡）：呷尔镇、烟袋镇、汤古乡、斜卡乡、三岩龙乡、上团乡、八窝龙乡、乃渠乡、乌拉溪乡、魁多乡、子耳彝族乡、三垭彝族乡、俄尔彝族乡、小金彝族乡、朵洛彝族乡、踏卡彝族乡、湾坝彝族乡、洪坝乡。
