峨山旧名矶耄飞嫌“临郡岩邑，省会南藩”之称。据明《万历云南通志》记载：“唐时为礅ヂ樱矶氩浚k蛮酋逐礅ゾ萜涞”。《清史稿》载：“东北砩剑浜蠖肷剑匾源宋”。又据《云南通志馆征集云南各县疆域资料》载：“峨山高耸县治之北，势甚巍峨，峨者大也，是以山为峨名之由来，砩皆诙肷街拢礅ト司友桑匀嗣剑俏砩矫衫础Ｔ苯ㄏ赜砩街簦庇卸肷轿淦琳希矶肓茫矶朊衫”。民国18年（1929）峨山人徐为光（任省民政厅厅长）认为“矶”与“峨山”与“习恶”谐音，殊不雅训，根据乡绅要求，签呈省政府将“矶”改为“峨山”。省政府于同年10月8日115次会议决议呈经中央核准，于民国19年（1930）1月1日始更名为峨山县。
先秦时期属古滇国辖地，两汉属益州郡愈元县、胜休县地。三国蜀汉时期属益州建宁郡俞元县地。西晋至南朝梁属宁州建宁郡俞元县地。北朝州属南宁州。隋属南宁州总管府。唐初属南宁州绛县地，后属剑南道姚州。唐南诏国为通海都督府矶氩俊Ｋ未罄砉矶氩渴粜闵娇ぁＴ踔矶肭ЩВ裟客蚧В恢猎辏1276）改置矶胫荩熠龃ā⑵降槎兀チ侔猜贰Ｖ猎辏1289）降为矶胂兀袅侔猜纺荩龃ㄏ赜肫降橄夭⑷矶胂匚纭Ｃ骱槲涫迥辏1382）直属临安府。
清沿明制，为矶胂兀袅侔哺Ｓ赫四辏1730）7月，临安府属迤东道。乾隆三十一年（1766）10月，临安府属迤南道。光绪十三年（1887）10月，临安府属临安开广道。民国2年（1913）裁府设道，为矶胂兀ッ勺缘馈Ｃ窆18年（1929）废道制，直隶云南省政府。民国19年（1930）1月，更名为峨山县。民国37年（1948），属云南省第六行政督察区（驻新平县）。1949年10月24日在甸中成立峨山县临时人民政府。1950年2月2日县临时人民政府由甸中迁回县城，峨山县属玉溪专区。1951年1月10日，政务院批准：撤销峨山县，设立峨山县彝族自治区（县级）；5月12日正式成立。1956年1月改称峨山彝族自治县。1970年隶玉溪地区。1998年隶地级玉溪市。
1953年10月，昆阳县第四区的夕古牙、法毫两个乡共21平方千米划归峨山。1955年峨山将第二区的上保安、下保安、田心、田房、雷响田及马鞍村共5．5平方千米划入昆阳县。1956年1月17日，峨山彝族自治区更名为峨山彝族自治县，隶玉溪专区。1957年12月26日将昆阳县杨柳河、夕阳、保安3个乡，共89.8平方千米划归峨山县。1961年2月3日，峨山县将保安、夕阳、打黑、白马龙4个管理区共89.8平方千米划回晋宁县。
1996年，峨山彝族自治县面积1972平方千米，人口约14万人，彝、哈尼等少数民族占61.6%。辖5个镇、7个乡：双江镇、甸中镇、小街镇、化念镇、塔甸镇、锦屏乡、大龙潭乡、富良棚乡、岔河乡、高平乡、亚尼乡、宝泉乡。县政府驻双江镇。
1998年10月9日，云政复[1998]86号：撤销锦屏乡、高平乡，划归双江镇管辖；撤销宝泉乡，划归小街镇管辖；撤销亚尼乡，划归塔甸镇管辖。调整后，全县辖5个镇、3个乡：双江镇、小街镇、甸中镇、化念镇塔甸镇、富良棚乡、大龙潭乡、岔河乡。
2000年第五次人口普查，峨山彝族自治县常住总人口151426人，其中：双江镇48201人，小街镇25078人，甸中镇18277人，化念镇12099人，塔甸镇15703人，岔河乡9246人，大龙潭乡12601人，富良棚乡10221人。
2000年末，全县辖双江、小街、甸中、化念、塔甸5镇和岔河、富良棚、大龙潭3乡，下设75个村委会、567个村民小组。总人口14.68万人。其中：农业人口117812人，占总人口的80.3%；非农业人口28952人，占19.7%。人口密度为每平方千米74人。彝族7.89万人，占总人口的53.7%，汉族5.3万人，占36%，哈尼族9467人，占6.45%，回族4824人，占3.28%。其他百人以上的少数民族有蒙古族、傣族、苗族和白族。少数民族人口占全县总人口的64%。
2006年，峨山彝族自治县总面积1972平方千米。总人口约15.8万人。辖5个镇、3个乡：双江镇、小街镇、甸中镇、化念镇、塔甸镇、岔河乡、大龙潭乡、富良棚乡。共有5个居委会、71个行政村。县政府驻双江镇。
2010年第六次人口普查，峨山彝族自治县常住总人口162831人，其中：双江镇56532人，小街镇26945人，甸中镇18358人，化念镇11538人，塔甸镇14992人，岔河乡10606人，大龙潭乡13148人，富良棚乡10712人。
2011年，撤销双江镇、小街镇，设立双江街道、小街街道。调整后，峨山县辖2个街道、3个镇、3个乡：双江街道、小街街道、甸中镇、化念镇、塔甸镇、岔河乡、大龙潭乡、富良棚乡。县政府驻双江街道。
