祥云县原名云南县。公元前109年（元封二年），汉武帝降服滇王，因梦见彩云南现，故取名为云南县，县治设在云南驿，属益州郡。明洪武十四年（1381）平定云南，改品甸赕为洱海卫，云南县城从现云南驿迁至到现祥云城，县卫合一，并建洱海卫城（今祥云县城）。1918年，因县名与省同，改称祥云县。
1950年祥云县属滇西专员公署。同年3月，改属大理专区。1956年11月16日国务院全体会议第40次会议决定：撤销大理专区，设置大理白族自治州，祥云县属大理州。 1960年9月13日，国务院全体会议第103次会议通过：撤销宾川、弥渡2县，将原宾川、弥渡2县的行政区域并归祥云县（1958年11月撤并）。1962年3月27日，国务院全体会议第115次会议决定：恢复弥渡县，以合并于祥云县的原弥渡县行政区域为弥渡县的行政区域。恢复宾川县，以合并于祥云县的原宾川县行政区域为宾川县的行政区域（1961年3月分置）。
1950年4月，宾川、祥云两县将插花地相互归并，原属祥云县的柳家湾、大新村、小新村、黑树林、西河头基、白庄帽、前所、埃东、马家庄划归宾川（一说为大黑树、谢官营、东四村等村归宾川）；原属宾川的蛟起营、谢家营划归祥云。1952年11月，祥云县拉乌、新田、新兴、来凤溪4个乡，面积5.56平方千米，划归宾川县拉乌乡管理。
1958年1月，祥云县的海稍14个村，面积4.76平方千米，划归宾川县；9月，祥云县的乔甸乡，面积14.85平方千米，划归宾川县。1964年，祥云县雄鲁么公社（乡），面积0.89平方千米，划归宾川县。
1996年，祥云县面积2425平方千米，人口约41万人。辖1镇12乡：祥城镇、米甸彝族乡、禾甸镇、东山彝族乡、象鼻乡、周家乡、沙龙乡、前所乡、刘厂乡、下庄乡、普K彝族乡、马街乡、鹿鸣乡。县政府驻祥城镇。
1999年，下庄乡改建下庄镇，刘厂乡改建刘厂镇。2000年，祥云县禾甸、前所乡改建为禾甸、云南驿镇。至此，祥云县辖5个镇、5个乡、3个民族乡。
2000年第五次人口普查，祥云县常住总人口437371人，其中：祥城镇45268人，云南驿镇59338人，下庄镇52284人，刘厂镇36010人，禾甸镇45411人，象鼻乡7028人，周家乡32248人，沙龙乡51699人，马街乡33883人，鹿鸣乡12799人，普K彝族乡25602人，东山彝族乡9736人，米甸彝族乡26065人。
2001年，普K彝族乡、米甸彝族乡撤乡设镇；2001年12月，沙龙乡撤乡设镇。2001年12月3日，云政复[2001]205号：祥云县撤销周家乡并入祥城镇，将沙龙镇管辖的芮家营、下村、七白庄、七合、马军、禾大6个村民委员会划归祥城镇管辖。至此，全县辖8个镇、3个乡、1个民族乡：祥城镇、下庄镇、刘厂镇、云南驿镇、沙龙镇、禾甸镇、米甸镇、普K镇、象鼻乡、马街乡、鹿鸣乡、东山彝族乡。
2005年，祥云县撤销象鼻乡并入祥城镇，镇政府驻原祥城镇政府驻地；撤销马街乡并入云南驿镇，镇政府驻原云南驿镇政府驻地（省政府2005年10月24日批准）。
2006年，全县面积2498平方千米，人口46.56万人。辖8个镇、2个乡（其中1个民族乡）：祥城镇、沙龙镇、云南驿镇、下庄镇、普K镇、刘厂镇、禾甸镇、米甸镇、鹿鸣乡、东山彝族乡。共有4个居委会、131个行政村。县政府驻祥城镇。
2010年第六次人口普查，祥云县常住总人口455605人，其中：祥城镇121959人，沙龙镇30843人，云南驿镇93671人，下庄镇53954人，普K镇25480人，刘厂镇35013人，禾甸镇44661人，米甸镇28011人，鹿鸣乡12689人，东山彝族乡9324人。
2013年末，全县面积2425平方千米，总人口47.61万人。2014年，云南驿镇、下庄镇、刘厂镇被列为全国重点镇。
