巍山命名，来自巍宝山。巍山原名“蒙化”，1954年，因当时有人提出“蒙化”带有歧视少数民族的意味，故而改县名。事实上“蒙化”这个名称应是出自蒙舍诏。巍山彝族自蒙舍诏后，大部分即以“摩察”、“密岔”、“密撒”（现通称密沙把）等作为自己的族称；如译为汉义，系指“蒙舍川的人”。故“蒙化”应是巍山彝族的族称。“蒙化”是蒙舍川的派生地名。蒙化的涵义及由来，当以主地名蒙舍为依据，即以当地彝族的族称命名。
巍山建置历史悠久，是南诏国的发祥地。春秋战国时，属滇国地。西汉元封二年（公元前109年）设邪龙县。唐初，由彝族先民建立的南诏（蒙舍诏）统一洱海地区的五诏后建立地方民族政权――南诏国。明、清王朝在巍山设置蒙化府，由彝族左氏土官为世袭土知府。民国初年，先为府，后改设一等县。1956年11月成立巍山彝族自治县，1958年10月成立巍山彝族回族自治县。
1996年，巍山彝族回族自治县面积2200平方千米，人口约28.5万人。辖2个镇、9个乡：文华镇、大仓镇、巍宝乡、庙街乡、永建乡、鼠街乡、牛街乡、龙街乡、马鞍山乡、紫金乡、青华乡。县政府驻文华镇。
2000年，永建乡撤乡设镇；同年6月，庙街乡撤乡设镇。调整后，巍山彝族回族自治县辖4个镇、7个乡：文华镇、庙街镇、大仓镇、永建镇、巍宝山乡、马鞍山乡、紫金乡、鼠街乡、牛街乡、龙街乡、青华乡。
2000年第五次人口普查，巍山彝族回族自治县常住总人口296124人，其中：文华镇18338人，庙街镇65151人，大仓镇49671人，永建镇49796人，巍宝乡35065人，马鞍山乡13249人，紫金乡12533人，鼠街乡13846人，牛街乡11025人，龙街乡10761人，青华乡16689人。
2002年12月24日，省政府下发云政复[2002]137号文件批准：文华镇更名为南诏镇、巍宝乡更名为巍宝山乡；调整巍山县文华镇、巍宝乡、庙街镇行政区划：巍宝乡鸡碧、开南、南山、河西、文笔、新村、和平、自由8个村委会和庙街镇系马庄村委会鸡润泽村委会的小租、段家庄、谢家3个自然村划归文华镇管辖。2003年，巍山彝族回族自治县正式对文华镇、巍宝乡、庙街镇部分行政区划进行调整，同时将把文华镇更名为南诏镇、巍宝乡更名为巍宝山乡，并搬迁巍宝乡机关驻地。
2005年，撤销龙街乡和鼠街乡，设立五印乡，乡政府驻原鼠街乡政府驻地；将庙街镇五里巷村委会划归马鞍山乡管辖（省政府2005年10月24日批准）。
2006年，巍山彝族回族自治县面积2266平方千米，人口30.96万人。辖4个镇、6个乡：南诏镇、庙街镇、大仓镇、永建镇、巍宝山乡、马鞍山乡、紫金乡、牛街乡、青华乡、五印乡。共有4个居委会、79个行政村。
2010年第六次人口普查，巍山彝族回族自治县常住总人口304368人，其中：南诏镇46468人，庙街镇62540人，大仓镇49667人，永建镇53970人，巍宝山乡11981人，马鞍山乡15797人，紫金乡13202人，五印乡24401人，牛街乡11639人，青华乡14703人。
2010年末，全县面积2200平方千米，总人口31万人，其中：彝族10.6万人，占总人口的34.1%；回族2.2万人, 占总人口的7.1%。辖4个镇、6个乡，4个社区、79个行政村，1091个自然村，1328个村民小组。
2014年，南诏镇、庙街镇、大仓镇被列为全国重点镇。
