墨脱，藏语意为“花朵”。8世纪时曾名为白玛岗。原始社会时期是珞巴人居住地。十七世纪中叶，居住在门隅的门巴人开始向此地迁徙。清光绪七年（1881年）波密王在墨脱地东设立地东宗（后迁宗址到墨脱村，易名为墨脱宗）。
1927-1931年噶厦政府与波密王之间爆发战争，波密王战败。噶厦政府将墨脱分封给色拉寺、倾多寺和松宗寺，三寺各自建宗，一直延续到西藏和平解放。
1959年7月设立墨脱县。属塔工地区所辖。1964年划归拉萨市管辖。1986年2月划归林芝地区管辖。现由地级林芝市管辖。
1996年，全县辖8个乡：墨脱乡、背崩乡、德兴乡、格当乡、旁辛乡、加拉萨乡、达木珞巴族乡、甘登乡。县政府驻墨脱乡。
2000年第五次人口普查，墨脱县常住总人口9699人，其中（1个镇，7个乡），墨脱镇1878人，背崩乡2138人，德兴乡1549人，达木乡729人，旁辛乡1266人，加拉萨乡812人，甘登乡647人，格当乡680人。
2007年末全县户籍总人口10623人。2008年，全县面积3.13万多平方千米，人口1.10万人。
2010年第六次人口普查，墨脱县常住总人口10963人，其中，墨脱镇3157人，甘登乡330人，加拉萨乡653人，达木珞巴民族乡1263人，帮辛乡1266人，格当乡585人，德兴乡1473人，背崩乡2236人。
