波密，藏语意为“祖先”。原为波密王辖地。十三世纪中叶至十七世纪，隶属宣慰使司都元帅府管辖。民国时期由川边特别行政区管辖。
原为曲、易贡、倾多3宗，1954年，将曲、易贡、倾多3个宗统一管辖。1959年12月（一说10月）设立波密县。1960年属林芝专区管辖，1964年属昌都专区（地区）管辖。1986年元月归林芝地区。现由地级林芝市管辖。
1996年，全县辖1镇10乡：扎木镇、古乡、倾多乡、许木乡、八盖乡、玉仁乡、多吉乡、康玉乡、松宗乡、玉普乡、易贡乡。县政府驻扎木镇。
2000年，全县辖3个镇、8个乡：扎木镇、倾多镇、松宗镇、古乡、许木乡、八盖乡、玉仁乡、多吉乡、康玉乡、玉普乡、易贡乡。县政府驻扎木镇。
2000年第五次人口普查，波密县常住总人口26748人，其中，松宗镇1600人，倾多镇4350人，扎木镇6651人，多吉乡2772人，玉普乡1302人，许木乡2503人，玉仁乡2300人，康玉乡1564人，八盖乡1344人，易贡乡1108人，古乡1254人。
2007年末，全县户籍总人口28288人。2008年，全县面积1.67万多平方千米，人口2.83万人。
？年，撤销许木乡、玉仁乡，合并设立玉许乡。调整后，
2010年第六次人口普查，波密县常住总人口33480人，其中，扎木镇9050人，倾多镇5402人，松宗镇2034人，古乡1549人，玉许乡5569人，多吉乡3041人，康玉乡1723人，玉普乡1587人，易贡乡2242人，八盖乡1283人。
