琼结，藏语意为“房角悬起多层”。县境是藏族先民生息繁衍的重要地区之一。4世纪前为雅砻部落都城。644年，吐蕃政权都城设在今琼结；647年迁都今拉萨。琼结属于约茹青哇青域区的青隆千户所。十三世纪，元朝在琼结宗设立西藏13个万户之一的唐波切八千户。
十五世纪中叶，设立琼结达孜宗。为西藏13个大宗之一。西藏和平解放前，属于山南基巧管辖。1959年6月设立穷结县。隶属山南专区（地区）管辖。1986年4月更名为琼结县。现由地级山南市管辖。
1996年，全县辖8个乡：琼结乡、夏绥乡、加麻乡、白松乡、拉玉乡、唐布齐乡、琼果乡、强吉乡。县政府驻琼结乡。
2000年，琼结县辖1个镇、3个乡。
2000年第五次人口普查，琼结县常住总人口17031人，其中，琼结镇4971人，加麻乡4594人，下水乡3038人，拉玉乡4428人。
2008年，全县面积0.10万多平方千米，人口1.99万人。
2010年第六次人口普查，琼结县常住总人口17093人，其中，琼结镇5155人，拉玉乡4450人，下水乡3158人，加麻乡4330人。
