“索”藏语意为“靠河”，也意为“蒙古部落”。元朝时期，形成索巴、军巴、荣布3个较大的部落，并于今巴青、丁青、聂荣、比如境内的一些部落结成联盟，史称三十九族。明朝中叶三十九族归附占居青海地区的土默特蒙古俺答汗部和喀尔喀都却图汗。1637年，索县三大部落逐渐归蒙古和硕特部落管辖。后固始汗将索县三大部落赠送给五世达赖作为溪卡。
清雍正以后由驻藏大臣直接管理索县三大部落。1916年，西藏地方政府以索巴、军巴、荣布3个部落为基础，设置索宗。1959年5月（一说1960年）改索宗为索县，由黑河分工委管理；同年8月正式成立县人民政府。
1996年，索县辖1个镇、11个乡：亚拉镇、赤多乡、嘎美乡、嘎尔木乡（嘎木乡）、加勤乡、江达乡、荣布乡、若达乡、 热瓦乡、色昌乡（西昌乡）、永纳乡、亚安乡。县政府驻亚拉镇。
2000年第五次人口普查，索县常住总人口34736人，其中，亚拉镇2608人，亚安乡2926人，西昌乡（色昌乡）2751人，江达乡2844人，荣布乡5560人，加勤乡4321人，永纳乡1810人，若达乡2034人，赤多乡2484人，热瓦乡1950人，嘎美乡3849人，嘎木乡1599人。
2002年，索县由1区，1镇11乡，141村委会调整为2镇、8乡，6居委会、135村委会：亚拉镇、荣布镇、若达乡、热瓦乡、赤多乡、嘎美乡、加勤乡、江达乡、色昌乡、嘎木乡。
2008年，全县面积0.57万多平方千米，人口4.00万人。
2010年第六次人口普查，索县常住总人口43621人，其中，亚拉镇9785人，荣布镇7214人，若达乡2695人，热瓦乡2566人，色昌乡3130人，嘎木乡2155人，赤多乡2991人，嘎美乡4947人，加勤乡4983人，江达乡3155人。
