北魏普泰二年置华亭镇，因皇甫麓有华尖山亭而得名。另据《太平寰宇记》，华亭因地处白马、华、亭三川口而得名。隋大业元年（605年）置华亭县。1958年12月撤县并入平凉市。1962年恢复华亭县。
1996年，华亭县辖2个镇、8个乡、2个民族乡：东华镇、安口镇、西华乡、马峡乡、麻庵乡、砚峡乡、上关乡、南川乡、河西乡、策底乡、神峪回族乡、山寨回族乡。
2000年第五次人口普查，华亭县常住总人口168944人，其中，东华镇40453人，安口镇26450人，上关乡10513人，神峪回族乡11494人，南川乡8624人，西华乡21851人，马峡乡11739人，山寨回族乡13186人，麻庵乡1509人，策底乡9936人，河西乡7918人，砚峡乡5271人。
2003年12月8日，甘肃省民政厅《关于平凉市乡镇行政区划调整的批复》（甘民区复字[2003]49号），以及平政发[2003]180号文件：华亭县撤销南川乡，将该乡并入安口镇；撤销麻庵乡，将该乡并入西华镇。
2008年末，全县1182平方千米，辖5个镇、5个乡（其中2个民族乡）：东华镇、安口镇、西华镇、马峡镇、策底镇、上关乡、神峪回族乡、山寨回族乡、河西乡、砚峡乡，共有114个行政村，596个村民小组。农业人口3.13万户13.17万人。
2010年第六次人口普查，华亭县常住总人口189333人，其中，东华街道40497人，东华镇28268人，安口镇30221人，西华镇23293人，马峡镇10789人，策底镇10450人，上关乡8876人，神峪乡10261人，山寨乡12460人，河西乡6232人，砚峡乡3973人，石堡子开发区管委会4013人。
2010年末，全县总面积1183平方千米。总人口61062户18.43万人，其中非农业人口28094户8.87万人。辖5镇、5乡，以及1个街道办事处、1个省级工业园区，共有101个行政村、25个社区。
2015年，省民政厅（甘民复〔2015〕49号）批复同意撤销上关乡，设立上关镇。
